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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于分子连接的软件
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于分子连接的软件

求助，请问有谁知道用什么软件可以把某两个或多个小分子的pdb或mol2文件连接起来组成新的分子mol2或pdb文件的软件。谢谢

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-11 at 16:08 ]
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1楼 2008-12-22 21:58:52
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢您的帮助
wuhanhgf2002(金币+1,VIP+0):谢谢老汉
（1）记事本（Windows附赠）
（2）Crimson Editor（开源、免费）
（3）UltraEdit, EditPlus（共享）
...
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2楼2008-12-23 05:58:20
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
不是这个，您误会我的意思了，我说的软件是可以自动的把两个pdb或mol2通过单键或双键，在选定的连接位点基础上组成新的分子，这个软件可以自动批量的连接若干个分子。
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3楼2008-12-23 07:51:08
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han_jiangxue

木虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多关注计算综合版！
wuhanhgf2002(金币+1,VIP+0):谢谢
Gview
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4楼2008-12-23 08:22:03
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
gview也不行啊，比方说，我有50个分子，想通过某个软件和另外20个分子用单键连接，提前定义每个分子的连接位点，这样的话用排列组合，就会生成1000个新的分子。Gview可以实现吗？
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5楼2008-12-23 10:42:55
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
wuhanhgf2002(金币+3,VIP+0):谢谢老汉
xuefei06(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多关注计算综合版！
呵呵，这个...

(1) Accelrys Accord可以
(2) MOE也可以
(3) Sybyl等也可以。

这个叫做虚拟组合库/衍化(Virtual Combinatorial Library/Enumeration)
在上述软件中，起的名字不同，如CombiLib或者Enumerator

比较麻烦的是定义连接点(Attach Point)

你查查CNKI吧。
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6楼2008-12-23 11:53:36
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whitewatercn

银虫 (小有名气)
★
mingdong(金币+1,VIP+0): 谢谢您的帮助
楼上的都是要钱的， 俺给你推荐一个开源的小工具
SmiLib: A Java-Based Tool for Rapid Combinatorial Library Enumeration

请看
http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/smilib/index.html
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7楼2008-12-23 15:58:26
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
谢谢whitewatercn  开个链接，我给你加金币。
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8楼2008-12-23 16:03:58
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎你多多关注计算综合版！
引用回帖:
Originally posted by whitewatercn at 2008-12-23 15:58:
楼上的都是要钱的， 俺给你推荐一个开源的小工具
SmiLib: A Java-Based Tool for Rapid Combinatorial Library Enumeration

请看
http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/smilib/index.html

很好很强大
要是再找不着这样的东西，就得逼着老汉亲自动手写代码了。
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9楼2008-12-23 18:46:27
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
谢谢各位
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10楼2008-12-24 16:18:48
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