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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于分子连接的软件

求助,请问有谁知道用什么软件可以把某两个或多个小分子的pdb或mol2文件连接起来组成新的分子mol2或pdb文件的软件。谢谢

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-11 at 16:08 ]
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢您的帮助
wuhanhgf2002(金币+1,VIP+0):谢谢老汉
(1)记事本(Windows附赠)
(2)Crimson Editor(开源、免费)
(3)UltraEdit, EditPlus(共享)
...
2楼2008-12-23 05:58:20
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

不是这个,您误会我的意思了,我说的软件是可以自动的把两个pdb或mol2通过单键或双键,在选定的连接位点基础上组成新的分子,这个软件可以自动批量的连接若干个分子。
3楼2008-12-23 07:51:08
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han_jiangxue

木虫 (正式写手)

★ ★
xuefei06(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎你多多关注计算综合版!
wuhanhgf2002(金币+1,VIP+0):谢谢
Gview
4楼2008-12-23 08:22:03
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

gview也不行啊,比方说,我有50个分子,想通过某个软件和另外20个分子用单键连接,提前定义每个分子的连接位点,这样的话用排列组合,就会生成1000个新的分子。Gview可以实现吗?
5楼2008-12-23 10:42:55
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★ ★
wuhanhgf2002(金币+3,VIP+0):谢谢老汉
xuefei06(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎你多多关注计算综合版!
呵呵,这个...

(1) Accelrys Accord可以
(2) MOE也可以
(3) Sybyl等也可以。

这个叫做虚拟组合库/衍化(Virtual Combinatorial Library/Enumeration)
在上述软件中,起的名字不同,如CombiLib或者Enumerator

比较麻烦的是定义连接点(Attach Point)

你查查CNKI吧。
6楼2008-12-23 11:53:36
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whitewatercn

银虫 (小有名气)


mingdong(金币+1,VIP+0): 谢谢您的帮助
楼上的都是要钱的, 俺给你推荐一个开源的小工具
SmiLib: A Java-Based Tool for Rapid Combinatorial Library Enumeration

请看
http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/smilib/index.html
7楼2008-12-23 15:58:26
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

谢谢whitewatercn  开个链接,我给你加金币。
8楼2008-12-23 16:03:58
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


xuefei06(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎你多多关注计算综合版!
引用回帖:
Originally posted by whitewatercn at 2008-12-23 15:58:
楼上的都是要钱的, 俺给你推荐一个开源的小工具
SmiLib: A Java-Based Tool for Rapid Combinatorial Library Enumeration

请看
http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/smilib/index.html

很好很强大
要是再找不着这样的东西,就得逼着老汉亲自动手写代码了。
9楼2008-12-23 18:46:27
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

谢谢各位
10楼2008-12-24 16:18:48
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