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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 引物设计
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叶小宥

新虫 (小有名气)

[求助] 引物设计 已有3人参与

用基因组DNA进行PCR：怎么设计引物？在什么位置设计引物？还要进行多重序列比对？？什么是多重序列比对啊？？？不懂啊，搞不清楚啊～求各位大神赐教

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1楼 2017-02-24 14:03:55
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seektruth502

新虫 (初入文坛)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-02-27 07:48:43
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1楼: Originally posted by 叶小宥 at 2017-02-24 14:03:55
用基因组DNA进行PCR：怎么设计引物？在什么位置设计引物？还要进行多重序列比对？？什么是多重序列比对啊？？？不懂啊，搞不清楚啊～求各位大神赐教

多重序列比对是指你设计好引物后，在基因组的其他地方比对一下，评估下能否也能扩增出片段，如果能，说明引物设计的不好

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2楼2017-02-24 15:44:43
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叶小宥

新虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by seektruth502 at 2017-02-24 17:09:36
是的
...

看很多文献上写有：某个基因的引物，那这样的引物扩增的是目的基因哪段序列？？启动子还是？？？？

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5楼2017-02-27 00:19:04
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莫等闲111

版主 (知名作家)

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【答案】应助回帖

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引物设计要看你的实验设计,如果你只想扩增目的片段，那么只需要从其实那个密码子到终止密码子就可以了。如果你要进行酶切连接到载体上，那么还需要加上酶切位点和保护碱基。如果你要进行片段融合那么还要 加上相应的同源片段。
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站内信：http:///muchong.com/bbs/box.php评分及查找应助者发送的密码http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7465070&fpage=1
8楼2017-02-27 08:30:45
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叶小宥

新虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by seektruth502 at 2017-02-24 15:44:43
多重序列比对是指你设计好引物后，在基因组的其他地方比对一下，评估下能否也能扩增出片段，如果能，说明引物设计的不好
...

是用Ncbi上的 primer-blast进行比对吗？？

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3楼2017-02-24 16:07:01
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seektruth502

新虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by 叶小宥 at 2017-02-24 16:07:01
是用Ncbi上的 primer-blast进行比对吗？？
...

是的

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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

叶小宥
4楼2017-02-24 17:09:36
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seektruth502

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-02-27 07:49:03
引用回帖:
5楼: Originally posted by 叶小宥 at 2017-02-27 00:19:04
看很多文献上写有：某个基因的引物，那这样的引物扩增的是目的基因哪段序列？？启动子还是？？？？
...

不一定，实验目的不同，扩增的区域也就不同。有的是只扩增CDS区域，有的是从ATG上游几百bp到终止子

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6楼2017-02-27 07:33:48
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叶小宥

新虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by seektruth502 at 2017-02-27 07:33:48
不一定，实验目的不同，扩增的区域也就不同。有的是只扩增CDS区域，有的是从ATG上游几百bp到终止子
...

文献中利用基因组DNA进行扩增，那扩增的序列是哪一段？？？

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7楼2017-02-27 08:13:19
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叶小宥

新虫 (小有名气)
送红花一朵
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4楼: Originally posted by seektruth502 at 2017-02-24 17:09:36
是的
...

谢谢

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9楼2017-02-28 16:25:22
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叶小宥

新虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by 莫等闲111 at 2017-02-27 08:30:45
引物设计要看你的实验设计,如果你只想扩增目的片段，那么只需要从其实那个密码子到终止密码子就可以了。如果你要进行酶切连接到载体上，那么还需要加上酶切位点和保护碱基。如果你要进行片段融合那么还要 加上相应的 ...

设计引物后在Ncbi比对后的结果，看不懂，什么意思，设计的这个引物怎么样啊
引物设计



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10楼2017-03-01 10:52:15
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