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[资源] 【交流】优化结构

vasp优化结构,一般在INCAR中设置ENCUT,EDIFF,EDIFFG,ISMEAR,IBRION,NSW。e.g.
ENCUT  = 350
EDIFF  = 1E-5
ISMEAR = 0
SIGMA  = 0.1
NSW    = 40
IBRION = 2
EDIFFG = -1E-2 (此处设置了力的判断,如果采用能量将会收敛快很多。但是一般认为用力判断能更好的得到最稳结构)

MS优化结构,应该是选择一个fine的精度,然后选择下自己所用的势(多选几个比较下效果:-)),其他默认,基本就差不多可以做下去了。

一般,认为截断能越大,k点设置越多,收敛精度越高,收敛会越慢,但是准确度不一定越高。因此有必要做一些此类参数的测试。一般会这些参数大概会有个能量收敛的趋势。就是设置到某个临界参数,能量几乎变化很小。而参数再增加,只是增加计算量,而准确度没有变化。
对于比较大很难优化的周期体系,一般建议是采用 1 1 1的k点先做一个优化,取得一个合理的初步结果,然后采用大一点的k点设置进行计算。可能结构优化速度会快很多。一个朋友计算过一个大体系,发现结合两者的方法(1周)比直接采用后者的方法(4周)节省了3周。
另外也可以采用先用一个低等的精度做一个预优化,然后高点精度的参数设置进行优化。

做结构优化是做计算的必做任务。大家有什么好的经验一起讨论下,一起进步下:-)

[ Last edited by csfn on 2008-12-19 at 12:04 ]
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搞理论的

银虫 (正式写手)


总结得不错,值得参考。我也做过很多结构的弛豫,对于比较大且比较难驰誉的体系,尚没有比较好的方法。
2楼2008-12-18 20:39:26
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★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励讨论
比较大比较难驰誉的体系,要想从根本上来找到好方法,只能期待新的技术和计算机技术的应用了  相信不久会大有改观吧
3楼2008-12-19 07:49:59
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★★★★★ 五星级,优秀推荐

今天又学了一招。
6楼2008-12-19 11:00:25
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channe


你的ISMEAR=0,我见过优化时ISMEAR=1的,优化时,这两个设置有什么区别吗,欢迎大家讨论
7楼2008-12-19 13:59:42
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★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):thanks
ismear 和 sigma一般是一起使用的。ISMEAR determines how the partial occupancies  are set for each wavefunction。
ismear可以设置不同的值,对应不同的方法,具体见说明书。http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/node133.html
1,对于半导体或者绝缘体 设置为 -5,如果单包很大,可以设置ismear等于0,sigma等于0.05
2,对于金属经常使用1和2,具体sigma值要测试,一般可以设置0.2试试。1和2不要对半导体和绝缘体使用。
3,如果要更准确计算能量或者dos,推荐采用ismear为-5.
以上三条是vasp guide的总结呵呵,应该还是不错的。
具体到自己所计算的体系,还是要灵活变通。如果结果和实际和文献报道相差太远,那么要做一些参数变化看看结果
8楼2008-12-19 16:10:19
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★ ★ ★
wuchenwf(金币+3,VIP+0):xiexie
比如对于某些绝缘体系,如果直接采用ismear为-5,可能显示计算报错根本计算不下去,那么显然设置1,2是不合理的。就可以试试设置为0来计算了:-)
9楼2008-12-19 17:40:52
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veryman

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):xiexie
优化时可以用ismear=0,最后静态的时候再用-5,这样有些错误就不会发生。
楼主说的分级优化是绝对可行的,vasp说明书也说了优化完后要在优化一次,然后再做static计算。
实际上应该优化到一个很高的精度再做静态计算会比较合理。
10楼2008-12-19 22:56:22
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cuihang

铁杆木虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

ISMEAR的默认值是多少?
11楼2008-12-20 09:27:06
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★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):呵呵,多谢
Default     
ISMEAR = 1
SIGMA = 0.2
12楼2008-12-20 09:43:07
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channe


关于ISMEAR讨论得很具体了,那么对于SIGMA的设置,一般怎么和ISMEAR对应呢,楼上说SIGMA要测试,能否说具体点如何测试的
13楼2008-12-20 14:07:15
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nkleof

银虫 (正式写手)



wuchenwf(金币+1):谢谢讨论 1-24 22:53
引用回帖:
Originally posted by csfn at 2008-12-18 16:53:
一般,认为截断能越大,k点设置越多,收敛精度越高,收敛会越慢,但是准确度不一定越高。因此有必要做一些此类参数的测试。一般会这些参数大概会有个能量收敛的趋势。就是设置到某个临界参数,能量几乎变化很小。而参数再增加,只是增加计算量,而准确度没有变化。

有个问题本来想发帖讨论,在这正好搭贴请教一下。关于截断动能的优化,为什么要设置不同的ENCUT进行计算,以得到一个所谓较好的值(判断依据好像是总能变化在0.001eV)。是单纯从节省计算时间角度考虑么?否则的话直接取相对较大的ENCUT(ENMAX的1.3倍)不是可以省去优化ENCUT这一步了吗?但是假如为了优化ENCUT做了6次计算,而且有的ENCUT设置到很大,那么为了优化ENCUT所花费的时间好像和所说的以适当ENCUT值做后面的性质计算所节省的时间也差不多吧?是不是后面所做的结构优化或者性质计算里参数改变的计算次数很多?或者有什么更细节的步骤,希望大家能够不吝赐教。
14楼2008-12-20 14:58:40
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★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thanks
引用回帖:
Originally posted by channe at 2008-12-20 14:07:
关于ISMEAR讨论得很具体了,那么对于SIGMA的设置,一般怎么和ISMEAR对应呢,楼上说SIGMA要测试,能否说具体点如何测试的

SIGMA should be as large as possible keeping the difference between the free energy and the total energy (i.e. the term ' entropy T*S') in the OUTCAR file negligible (1 meV/atom).

主要是对于ismear设置为大于0的数字的时候,需要做测试。变化sigma从0.01到0.2等系列值,然后对应每个sigma值看outcar中 entropy T*S 的值,小于1 meV/atom即可。
15楼2008-12-20 15:03:16
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★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thanks
引用回帖:
Originally posted by nkleof at 2008-12-20 14:58:

有个问题本来想发帖讨论,在这正好搭贴请教一下。关于截断动能的优化,为什么要设置不同的ENCUT进行计算,以得到一个所谓较好的值(判断依据好像是总能变化在0.001eV)。是单纯从节省计算时间角度考虑么?否则的 ...

节省计算时间。
后面需要用到的次数可能还会很多,科研不是做一天两天的事情。完全有必要找一个合理的截断能。否则写文章的时候,你直接写个很大的截断能(准确性没问题),但是会让人怀疑你对计算的理解,其他的结果都可能被怀疑了。。
16楼2008-12-20 15:06:52
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channe


十分感谢楼上关于SIGMA的解释,很受益
17楼2008-12-20 16:03:10
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nkleof

银虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by csfn at 2008-12-20 15:06:


节省计算时间。
后面需要用到的次数可能还会很多,科研不是做一天两天的事情。完全有必要找一个合理的截断能。否则写文章的时候,你直接写个很大的截断能(准确性没问题),但是会让人怀疑你对计算的理解,其 ...

那么还有一个问题想请教一下,做ENCUT优化的时候,怎么取结构?因为后面还要做结构优化,结构还要改变,怎么保证优化出来的ENCUT一定适合于以后的不同的结构?或者,ENCUT是与结构无关的?
18楼2008-12-23 14:59:40
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狼狼乾坤

铁杆木虫 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

请教:time steps对结构优化有什么影响?
19楼2009-01-03 14:43:14
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简单回复
qinjun5864楼
2008-12-19 08:38   回复  
 
fegg75025楼
2008-12-19 10:24   回复  
 
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