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wuqianqian

新虫 (初入文坛)

[求助] 新设计的引物怎么都p不出来 已有4人参与

新设计引物跑PCR失败,我的流程是95℃ 5min,95℃ 50s,50度30s,72℃1min循环60次,72℃最后延伸10min,摸了50℃ 54℃ 56℃都失败了,我的目的片段是1000bp,求解啊,希望各位大神能指导一下,谢谢!

新设计的引物怎么都p不出来


@biostar2009 @飞约疯人院 @youlinglyw @wizardfan 发自小木虫Android客户端
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ksws0465326

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
p不出来有很多因素,1你用的模板是什么是质粒还是基因组DNA,2加入模板的量的多少,过多或过少都会影响成功率,具体可以参照你使用的酶的说明书,3退火温度可以参照TM值,但是不是绝对的,常用温度50-60,有时40几度也可以出条带,4目标条带1kb,延伸72度时可以放宽时间稍微长一点儿1min10sec或更长,因为说明书写1kb/min,那是理论参考,实际操作可以加长一些,5引物是否保证正确,反向引物容易出错,可以添加一阳性对照,用此引物肯定能p出条带的,来确保反应体系没问题,6循环数一般没必要60次吧。。。有点儿太多了,一般大多数情况下25-40次足可以p出条带了
4楼2017-02-10 11:51:32
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小汰宝

金虫 (正式写手)

你摸的3个温度是退火温度?退货温度不是根据引物tm值来的嘛?

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2楼2017-02-10 11:26:07
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ksws0465326

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by wuqianqian at 2017-02-14 18:19:26
非常感谢您的解答,我开始用的菌液,后来改用基因组DNA,设立阳性对照是能p出来的,但是自己设计的引物却p不出来,循环了30次。
...

阳性对照你怎么做的?是同一种基因组DNA,换了另一对引物做的(p的是同一个基因只是阳性对照的引物p出的条带大小和你设计的引物p出来的条带大小不同)?如果是这样,那可能就是你引物的问题,可能就需要考虑再设计一对引物,如果p的不是同一基因,可比性有但不高,可以再提高下你设计的引物pcr时退火的时间比如55度30s延长到45s或50s等。然后再增加循环数,35或40回。顺便问一下,你这基因组DNA是啥的?植物?还是酵母菌还是啥。。。
10楼2017-02-15 16:25:18
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wuqianqian

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小汰宝 at 2017-02-10 11:26:07
你摸的3个温度是退火温度?退货温度不是根据引物tm值来的嘛?

我是根据自己设计引物的tm值摸的退火温度,都没有p出来

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3楼2017-02-10 11:35:33
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l68266152

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

胶图上传一下,目前能看出来的问题,P2引物太长,
相信自己
5楼2017-02-13 09:58:04
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wuqianqian

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ksws0465326 at 2017-02-10 11:51:32
p不出来有很多因素,1你用的模板是什么是质粒还是基因组DNA,2加入模板的量的多少,过多或过少都会影响成功率,具体可以参照你使用的酶的说明书,3退火温度可以参照TM值,但是不是绝对的,常用温度50-60,有时40几度 ...

非常感谢您的解答,我开始用的菌液,后来改用基因组DNA,设立阳性对照是能p出来的,但是自己设计的引物却p不出来,循环了30次。

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6楼2017-02-14 18:19:26
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wuqianqian

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by l68266152 at 2017-02-13 09:58:04
胶图上传一下,目前能看出来的问题,P2引物太长,

我的胶出除了marker以外,其他全是空白。

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7楼2017-02-14 18:20:00
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l68266152

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by wuqianqian at 2017-02-14 18:20:00
我的胶出除了marker以外,其他全是空白。
...

应该猜测是对的,引物太长,想办法缩短一点
相信自己
8楼2017-02-15 09:29:03
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

引物设计成一样长短,一样的tm很关键

发自小木虫IOS客户端
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
9楼2017-02-15 09:54:28
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