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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 生工测序的问题
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柚子爱柠檬水

新虫 (初入文坛)

[求助] 生工测序的问题 已有3人参与

各位好，我是生物菜鸟，前几天用CMD5单向引物得到了未纯化的pcr，送去生工测序，想问一下测序结果包括引物么？怎样去blast比对？

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1楼 2017-01-15 13:50:10
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hch123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
测序结果一般是不会包括引物的，现在一代测序的基本原理就是Sanger测序——双脱氧末端终止法的原理，你的引物是一段连续的序列就没有终止一说了，所以是不会存在的。
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脚踏实地：遇一个，学一个，会一个。。。
2楼2017-01-16 09:47:05
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hch123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by hch123 at 2017-01-16 09:47:05
测序结果一般是不会包括引物的，现在一代测序的基本原理就是Sanger测序——双脱氧末端终止法的原理，你的引物是一段连续的序列就没有终止一说了，所以是不会存在的。

至于怎么分析，你可以看看我以前的一个帖子，也是说这个的。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10968470&authorid=1718048
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脚踏实地：遇一个，学一个，会一个。。。
3楼2017-01-16 09:49:49
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
测序从引物末端开始，但是开始的50 bp不准确，之后的800 bp的结果才可取
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4楼2017-01-17 13:17:29
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柚子爱柠檬水

新虫 (初入文坛)
非常感谢

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5楼2017-02-16 14:40:42
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

不纯化，会有之前pcr的引物污染。可能测不出来，看运气

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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
6楼2017-02-16 16:25:48
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