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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » gromacs pull 参数的使用
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] gromacs pull 参数的使用

各位专家：
                 我现在使用gromacs中pull 的恒力牵引，具体参数如下
pull                     = constant_force
pull-geometry              = direction-periodic
pull-coord1-groups       =1
pull_coord1_dim         = N N Y
pull_coord1_vec          = 0 0 -1
pull_ngroups             = 1
pull_group1_name              =a_29721-31280
pull_coord1_k                  = 2.4364

可是在grompp时出现了一个错误ERROR: pull-coord1-groups should have 2 components

但是在mdrun时，却能运行，不知是何道理
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1楼 2017-01-09 14:35:16
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wbf3ng

金虫 (小有名气)
就是将group1group2拉开or拉近

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jianjunjiang
2楼2017-01-09 17:13:59
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-09 17:13:59
就是将group1group2拉开or拉近

谢谢您的答复，我现在是想利用一个恒力将group1向下平移
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3楼2017-01-09 18:24:48
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-09 17:13:59
就是将group1group2拉开or拉近

不知道这个error会不会影响计算结果
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4楼2017-01-09 18:28:56
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wbf3ng

金虫 (小有名气)
系统自动识别
这个运动是相对的，你说要把他往下拉，你这个位置是相对于谁往上拉吗？就是这个轱辘比一合股不二。


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jianjunjiang
5楼2017-01-09 19:43:08
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-09 19:43:08
这个运动是相对的，你说要把他往下拉，你这个位置是相对于谁往上拉吗？就是这个轱辘比一合股不二。
...

谢谢您及时的答复，我所用的group1 是一个石墨烯板，现在我把它放在一个水盒子上方，水盒子的下方也有一个石墨烯板（已经被freeze）。
我计算用的是NVT模拟。现在想在水盒子上方的石墨烯板上加一个垂直方向（z方向的力），向下压这块石墨烯板（用的就是上面的那个参数）（力的大小为F=PS），从而实现控制水盒子压强的目的
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6楼2017-01-09 20:18:50
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-09 19:43:08
这个运动是相对的，你说要把他往下拉，你这个位置是相对于谁往上拉吗？就是这个轱辘比一合股不二。
...

谢谢您及时的答复，我所用的group1 是一个石墨烯板，现在我把它放在一个水盒子上方，水盒子的下方也有一个石墨烯板（已经被freeze）。
我计算用的是NVT模拟。现在想在水盒子上方的石墨烯板上加一个垂直方向（z方向的力），向下压这块石墨烯板（用的就是上面的那个参数）（力的大小为F=PS），从而实现控制水盒子压强的目的
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7楼2017-01-09 20:19:24
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