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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

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[求助] gromacs pull 参数的使用

各位专家：
               我现在使用gromacs中pull 的恒力牵引，具体参数如下
pull                   = constant_force
pull-geometry             = direction-periodic
pull-coord1-groups    =1
pull_coord1_dim       = N N Y
pull_coord1_vec       = 0 0 -1
pull_ngroups          = 1
pull_group1_name             =a_29721-31280
pull_coord1_k                = 2.4364

可是在grompp时出现了一个错误ERROR: pull-coord1-groups should have 2 components

但是在mdrun时，却能运行，不知是何道理

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1楼 2017-01-09 14:35:16

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

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送红花一朵

引用回帖:

5楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-09 19:43:08
这个运动是相对的，你说要把他往下拉，你这个位置是相对于谁往上拉吗？就是这个轱辘比一合股不二。
...

谢谢您及时的答复，我所用的group1 是一个石墨烯板，现在我把它放在一个水盒子上方，水盒子的下方也有一个石墨烯板（已经被freeze）。
我计算用的是NVT模拟。现在想在水盒子上方的石墨烯板上加一个垂直方向（z方向的力），向下压这块石墨烯板（用的就是上面的那个参数）（力的大小为F=PS），从而实现控制水盒子压强的目的