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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] gromacs pull 参数的使用

各位专家:
                 我现在使用gromacs中pull 的恒力牵引,具体参数如下
pull                     = constant_force
pull-geometry              = direction-periodic
pull-coord1-groups       =1
pull_coord1_dim         = N N Y
pull_coord1_vec          = 0 0 -1
pull_ngroups             = 1
pull_group1_name              =a_29721-31280
pull_coord1_k                  = 2.4364

可是在grompp时出现了一个错误ERROR: pull-coord1-groups should have 2 components

但是在mdrun时,却能运行,不知是何道理
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

就是将group1group2拉开or拉近

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2楼2017-01-09 17:13:59
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-09 17:13:59
就是将group1group2拉开or拉近

谢谢您的答复,我现在是想利用一个恒力将group1向下平移
3楼2017-01-09 18:24:48
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-09 17:13:59
就是将group1group2拉开or拉近

不知道这个error会不会影响计算结果
4楼2017-01-09 18:28:56
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

系统自动识别
这个运动是相对的,你说要把他往下拉,你这个位置是相对于谁往上拉吗?就是这个轱辘比一合股不二。


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5楼2017-01-09 19:43:08
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-09 19:43:08
这个运动是相对的,你说要把他往下拉,你这个位置是相对于谁往上拉吗?就是这个轱辘比一合股不二。
...

谢谢您及时的答复,我所用的group1 是一个石墨烯板,现在我把它放在一个水盒子上方,水盒子的下方也有一个石墨烯板(已经被freeze)。
我计算用的是NVT模拟。现在想在水盒子上方的石墨烯板上加一个垂直方向(z方向的力),向下压这块石墨烯板(用的就是上面的那个参数)(力的大小为F=PS),从而实现控制水盒子压强的目的
6楼2017-01-09 20:18:50
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-09 19:43:08
这个运动是相对的,你说要把他往下拉,你这个位置是相对于谁往上拉吗?就是这个轱辘比一合股不二。
...

谢谢您及时的答复,我所用的group1 是一个石墨烯板,现在我把它放在一个水盒子上方,水盒子的下方也有一个石墨烯板(已经被freeze)。
我计算用的是NVT模拟。现在想在水盒子上方的石墨烯板上加一个垂直方向(z方向的力),向下压这块石墨烯板(用的就是上面的那个参数)(力的大小为F=PS),从而实现控制水盒子压强的目的
7楼2017-01-09 20:19:24
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