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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 质粒测序结果不会分析
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欲小岳岳

新虫 (小有名气)

[求助] 质粒测序结果不会分析 已有3人参与

大四学生，毕业论文实验是提细菌质粒，生科公司发来了测序结果，没有学过生物信息学，所以不会分析结果。请问各位有没有好的学习网站或者资料推荐

@biostar2009 @wizardfan @youlinglyw 发自小木虫IOS客户端
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1楼 2017-01-07 20:15:58
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回帖置顶 ( 共有1个 )

hch123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
xn8008: MolEPI+1, 给予MolEPI 2017-01-09 09:37:23
分析有几个步骤：
1：你得在网上找个DNAstar装上，一般我们分析测序结果都用这个软件。主要是里面的seqman
2：打开公司发给你的测序结果，一般都是压缩文件，最好用里面的ABI格式的文件，方便看峰图。
3：如果你有标准序列就把你的便准序列放到TXT文档里面，再把测序结果和标准序列一起放到seqman比对，这样就找到你的侧学结果了。
4：看你是质粒测序，要先把载体部分删掉。这样比对文件就做好了。
5：至于分析，最简单的你可以把你的目的片段放在NCBI的BLAST中比对（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）；看你的序列是不是你想要的东西，如果是全长基因也可以先翻译成蛋白再找。（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/）
6：至于继续分析也无非是看看碱基分布，找找启动子，酶切位点，预测下磷酸化位点，翻译成蛋白甚至做出他的3D结构什么的，不过对于一个大四的来说，没必要这么复杂。你随便找篇类似的中文文章看看一，分析的类型就都知道了。
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欲小岳岳
脚踏实地：遇一个，学一个，会一个。。。
4楼2017-01-08 09:00:41
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普通回帖

小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-01-07 21:22:01
下一个比对软件比对一下就好，比如DNAMAN，或者去NCBI上blast比对也行
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

欲小岳岳
···
2楼2017-01-07 20:55:27
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欲小岳岳

新虫 (小有名气)
感谢

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3楼2017-01-07 20:57:04
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欲小岳岳

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by hch123 at 2017-01-08 09:00:41
分析有几个步骤：
1：你得在网上找个DNAstar装上，一般我们分析测序结果都用这个软件。主要是里面的seqman
2：打开公司发给你的测序结果，一般都是压缩文件，最好用里面的ABI格式的文件，方便看峰图。
3：如果你 ...

非常感谢！

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5楼2017-01-08 09:17:31
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欲小岳岳

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小冀- at 2017-01-07 20:55:27
下一个比对软件比对一下就好，比如DNAMAN，或者去NCBI上blast比对也行

╭(╯3╰)╮

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6楼2017-01-08 09:18:11
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sky蒲公英

版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这两个网上的资料可以参考一下。blast相对而言还是比较简单的。
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  • 附件 1 : NCBI使用.pdf
    • 2017-01-08 21:29:33, 1.74 M
  • 附件 2 : 在NCBI上使用BLAST等工具的心得.pdf
    • 2017-01-08 21:29:35, 798.31 K

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

欲小岳岳
知识就像蒲公英的花儿一样，播种在世界的每一个角落。
7楼2017-01-08 21:30:16
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欲小岳岳

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by sky蒲公英 at 2017-01-08 21:30:16
这两个网上的资料可以参考一下。blast相对而言还是比较简单的。

么么哒

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8楼2017-01-08 21:59:39
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Nitara

新虫 (正式写手)
NCBI

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9楼2017-01-08 22:29:00
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恒河醋鱼
引用回帖:
7楼: Originally posted by sky蒲公英 at 2017-01-08 21:30:16
这两个网上的资料可以参考一下。blast相对而言还是比较简单的。

感谢分享
10楼2017-01-09 10:10:03
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