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winter121

木虫 (小有名气)

[求助] 实时荧光定量-相对定量中内参基因的峰不大正常,求助解决已有2人参与

目前的情况是用的仪器ABI 7500 FAST,SYBR做相对定量。做了几板实验,都是目的基因挺好,内参不好。内参基因还有目的基因的引物都是文献中找的。引物合成公司建议降低退火温度跑胶试试,结果,PCR跑胶后一个基因也跑不出来,但是实时荧光定量PCR最起码目的基因的峰很好啊。求大神帮忙分析下原因在哪里。溶解曲线图见附件。

实时荧光定量-相对定量中内参基因的峰不大正常,求助解决
内参0-1.png


实时荧光定量-相对定量中内参基因的峰不大正常,求助解决-1
1内参的溶解曲线.png


实时荧光定量-相对定量中内参基因的峰不大正常,求助解决-2
内参基因1.png
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peitaokong

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-12-27 07:27:08
溶解曲线一般是单峰,代表着引物是特异性扩增。看着Tm值还算正常,在85℃左右。但是有双峰,就代表着非特异扩增。
出现这种情况有三方面原因,一方面是RNA提取过程中乙醇等有机试剂没有晾干,受有机试剂干扰,影响cDNA质量
第二个方面,引物的原因。第三方面,试剂不太好。一般定量的温度是60℃退火,不知道你的设置是多少,还有你用的是什么试剂进行试验的。可以选择改变退火温度,重新设计引物,换更好的试剂。从几个方面看看怎么更好的改善。一般特异性不好,应该增加退火温度而不是降低。
2楼2016-12-26 21:13:27
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winter121

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by peitaokong at 2016-12-26 21:13:27
溶解曲线一般是单峰,代表着引物是特异性扩增。看着Tm值还算正常,在85℃左右。但是有双峰,就代表着非特异扩增。
出现这种情况有三方面原因,一方面是RNA提取过程中乙醇等有机试剂没有晾干,受有机试剂干扰,影响 ...

感谢您的分析。第一个原因应该排除吧,因为同样的cDNA模板,我的目的基因的条带就很好,只是内参基因的峰不好,所以应该不是模板的问题吧。另外我用的试剂是Takara家的SYBR试剂盒做实时荧光定量PCR,步骤中的退火温度是60度。
3楼2016-12-27 19:27:17
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peitaokong

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by winter121 at 2016-12-27 19:27:17
感谢您的分析。第一个原因应该排除吧,因为同样的cDNA模板,我的目的基因的条带就很好,只是内参基因的峰不好,所以应该不是模板的问题吧。另外我用的试剂是Takara家的SYBR试剂盒做实时荧光定量PCR,步骤中的退火温 ...

我觉得你应该尝试重新设计引物
4楼2016-12-27 19:58:09
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p君少年

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼主可以把引物BLAST一下,看看引物特异性如何,另外可以适当减少引物加入量,提高退火温度,多方面考虑一下
5楼2016-12-28 14:04:41
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winter121

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by p君少年 at 2016-12-28 14:04:41
楼主可以把引物BLAST一下,看看引物特异性如何,另外可以适当减少引物加入量,提高退火温度,多方面考虑一下

很奇怪的是我做了普通PCR跑胶了 但是都没有条带出来。但是就是实时荧光定量的时候溶解曲线还挺好的。。。引物量的稀释我倒是没有试,回头试试。谢谢
6楼2016-12-28 20:10:42
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