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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 用MEGA画系统发育树，怎么这样奇怪？！
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张秋萍

新虫 (初入文坛)

[求助] 用MEGA画系统发育树，怎么这样奇怪？！ 已有2人参与

NCBI  blast比对出来97%以上的菌，画系统发育树的时候就成这样了...大神们帮我看看啊！跪谢！！

用MEGA画系统发育树，怎么这样奇怪？！


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1楼 2016-12-22 18:25:07
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
序列方向的问题，所有序列的方向必须一致，你这里面可能有反向互补链。
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张秋萍
2楼2016-12-23 19:12:29
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张秋萍

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-12-23 19:12:29
序列方向的问题，所有序列的方向必须一致，你这里面可能有反向互补链。

大神能再详细点吗？我是一枚菜鸟小白啊！我没注意过什么序列方向啊？去blast比对导出的序列，MEGA里也对齐了，画出来就是这样。反向互补链这个怎么判断或改正呢？就如下面这个一样
用MEGA画系统发育树，怎么这样奇怪？！-1


用MEGA画系统发育树，怎么这样奇怪？！-2



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3楼2017-01-12 15:32:39
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Rdan

新虫 (小有名气)
我也是小白，是不是拿着序列去blast，检查是否是反向互补的。如果是反向的那就需要在dnaman里边去给它做一个反向互补一下。

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4楼2017-01-12 23:40:52
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心灵覆出

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2017-01-14 21:40:49
建议楼主用MEGA里的球状图看下之间的距离，如果离得很远的话肯定有一边的序列反了。然后你随便选择一边的序列去Blast，有反向的序列说明maga中一侧的序列全都反了，最后你讲这些序列用软件全都正向后，再建树就好了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2017-01-13 09:43:39
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张秋萍

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 心灵覆出 at 2017-01-13 09:43:39
建议楼主用MEGA里的球状图看下之间的距离，如果离得很远的话肯定有一边的序列反了。然后你随便选择一边的序列去Blast，有反向的序列说明maga中一侧的序列全都反了，最后你讲这些序列用软件全都正向后，再建树就好了 ...

好的，我先试试哦！不行再找你大神！！

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6楼2017-01-14 16:09:15
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