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th13336225

新虫 (小有名气)

[求助] 放线菌鉴定 已有1人参与

文章投稿中,审稿专家让进行详细的菌株鉴定过程,提供系统发育树,是一株放线菌,当时只做了16s DNA 测序,BLAST结构与链霉菌属的菌株99%相似,请教有没有比较熟悉放线菌的同行可以帮忙建个系统发育树,确定种属
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大美妞科学家

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by th13336225 at 2016-12-20 21:01:21
那建树的话可以到属吗
...

不一定 我遇到过到不了的 大部分可以~

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6楼2016-12-20 21:07:56
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普通回帖

大美妞科学家

金虫 (正式写手)

链霉菌99%以上的太多了 建树也不能鉴定到种 要么做生理生化 要么dna杂交

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2楼2016-12-20 20:46:29
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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 大美妞科学家 at 2016-12-20 20:46:29
链霉菌99%以上的太多了 建树也不能鉴定到种 要么做生理生化 要么dna杂交

你是微生物所的吗?是做放线菌的?

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3楼2016-12-20 20:55:48
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大美妞科学家

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liuhaolin3 at 2016-12-20 20:55:48
你是微生物所的吗?是做放线菌的?
...

以前做放线菌表型鉴定的

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4楼2016-12-20 21:01:02
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th13336225

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 大美妞科学家 at 2016-12-20 20:46:29
链霉菌99%以上的太多了 建树也不能鉴定到种 要么做生理生化 要么dna杂交

那建树的话可以到属吗

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5楼2016-12-20 21:01:21
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th13336225

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 大美妞科学家 at 2016-12-20 20:46:29
链霉菌99%以上的太多了 建树也不能鉴定到种 要么做生理生化 要么dna杂交

因为修稿时间有限,做生化鉴定可能来不及的,菌株鉴定这一块实在是外行,找人建了个树,结果出来是戈登氏菌属,和BLAST结构完全不一样,在想是不是比对菌株选择的不太好,自己也不懂,所以只能用这个方法寻求帮助了

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7楼2016-12-20 21:11:31
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大美妞科学家

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by th13336225 at 2016-12-20 21:11:31
因为修稿时间有限,做生化鉴定可能来不及的,菌株鉴定这一块实在是外行,找人建了个树,结果出来是戈登氏菌属,和BLAST结构完全不一样,在想是不是比对菌株选择的不太好,自己也不懂,所以只能用这个方法寻求帮助了 ...

那戈登的相似度多少啊?没准儿就是呢。blast不就可以建树么 你是就看一眼大概是什么菌还是要拿出证据啊?一定要报告的话你去找检测中心 15个工作日就有结果。

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8楼2016-12-20 21:19:49
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th13336225

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 大美妞科学家 at 2016-12-20 21:19:49
那戈登的相似度多少啊?没准儿就是呢。blast不就可以建树么 你是就看一眼大概是什么菌还是要拿出证据啊?一定要报告的话你去找检测中心 15个工作日就有结果。
...

blast出的页面中根本就没有戈登氏菌,那一页基本都是链霉属的,所以感觉他建的树不太对。我不需要鉴定的太细,因为我是做天然产物的,只是物质是从放线菌中分离纯化到的,所以需要鉴定一下我的菌株,审稿专家让我提供详细的一些数据,序列,发育树和引物信息,结果在建树这出现问题

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9楼2016-12-20 22:00:20
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二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
th13336225: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-12-23 07:39:20
最可靠方便的方法(同时编辑也不会质疑的)只有基因组DNA杂交,需要测个草图,菌种鉴定——ANI
10楼2016-12-21 12:10:43
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