24小时热门版块排行榜    

查看: 1953  |  回复: 10

th13336225

新虫 (小有名气)

[求助] 放线菌鉴定 已有1人参与

文章投稿中,审稿专家让进行详细的菌株鉴定过程,提供系统发育树,是一株放线菌,当时只做了16s DNA 测序,BLAST结构与链霉菌属的菌株99%相似,请教有没有比较熟悉放线菌的同行可以帮忙建个系统发育树,确定种属
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

大美妞科学家

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by th13336225 at 2016-12-20 21:01:21
那建树的话可以到属吗
...

不一定 我遇到过到不了的 大部分可以~

发自小木虫IOS客户端
6楼2016-12-20 21:07:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

大美妞科学家

金虫 (正式写手)

链霉菌99%以上的太多了 建树也不能鉴定到种 要么做生理生化 要么dna杂交

发自小木虫IOS客户端
2楼2016-12-20 20:46:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 大美妞科学家 at 2016-12-20 20:46:29
链霉菌99%以上的太多了 建树也不能鉴定到种 要么做生理生化 要么dna杂交

你是微生物所的吗?是做放线菌的?

发自小木虫Android客户端
3楼2016-12-20 20:55:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

大美妞科学家

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liuhaolin3 at 2016-12-20 20:55:48
你是微生物所的吗?是做放线菌的?
...

以前做放线菌表型鉴定的

发自小木虫IOS客户端
4楼2016-12-20 21:01:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

th13336225

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 大美妞科学家 at 2016-12-20 20:46:29
链霉菌99%以上的太多了 建树也不能鉴定到种 要么做生理生化 要么dna杂交

那建树的话可以到属吗

发自小木虫Android客户端
5楼2016-12-20 21:01:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

th13336225

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 大美妞科学家 at 2016-12-20 20:46:29
链霉菌99%以上的太多了 建树也不能鉴定到种 要么做生理生化 要么dna杂交

因为修稿时间有限,做生化鉴定可能来不及的,菌株鉴定这一块实在是外行,找人建了个树,结果出来是戈登氏菌属,和BLAST结构完全不一样,在想是不是比对菌株选择的不太好,自己也不懂,所以只能用这个方法寻求帮助了

发自小木虫Android客户端
7楼2016-12-20 21:11:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

大美妞科学家

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by th13336225 at 2016-12-20 21:11:31
因为修稿时间有限,做生化鉴定可能来不及的,菌株鉴定这一块实在是外行,找人建了个树,结果出来是戈登氏菌属,和BLAST结构完全不一样,在想是不是比对菌株选择的不太好,自己也不懂,所以只能用这个方法寻求帮助了 ...

那戈登的相似度多少啊?没准儿就是呢。blast不就可以建树么 你是就看一眼大概是什么菌还是要拿出证据啊?一定要报告的话你去找检测中心 15个工作日就有结果。

发自小木虫IOS客户端
8楼2016-12-20 21:19:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

th13336225

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 大美妞科学家 at 2016-12-20 21:19:49
那戈登的相似度多少啊?没准儿就是呢。blast不就可以建树么 你是就看一眼大概是什么菌还是要拿出证据啊?一定要报告的话你去找检测中心 15个工作日就有结果。
...

blast出的页面中根本就没有戈登氏菌,那一页基本都是链霉属的,所以感觉他建的树不太对。我不需要鉴定的太细,因为我是做天然产物的,只是物质是从放线菌中分离纯化到的,所以需要鉴定一下我的菌株,审稿专家让我提供详细的一些数据,序列,发育树和引物信息,结果在建树这出现问题

发自小木虫Android客户端
9楼2016-12-20 22:00:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
th13336225: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-12-23 07:39:20
最可靠方便的方法(同时编辑也不会质疑的)只有基因组DNA杂交,需要测个草图,菌种鉴定——ANI
10楼2016-12-21 12:10:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 th13336225 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂,求各位老师收留 +9 秋有木北 2026-03-14 9/450 2026-03-18 19:49 by macy2011
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:31 by q1092522407
[考研] 085600材料与化工 +5 安全上岸! 2026-03-16 5/250 2026-03-18 15:33 by cmz0325
[考研] 085601专硕,总分342求调剂,地区不限 +5 share_joy 2026-03-16 5/250 2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 化工学硕306求调剂 +10 42838695 2026-03-12 10/500 2026-03-18 14:42 by haxia
[考研] 304求调剂 +12 小熊joy 2026-03-14 13/650 2026-03-18 12:34 by Linda Hu
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:27 by Little-xue
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +8 一鸭鸭哟 2026-03-14 10/500 2026-03-17 15:07 by 一鸭鸭哟
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗? 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 复试调剂 +3 呼呼?~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。,。,。,。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
信息提示
请填处理意见