24小时热门版块排行榜    

查看: 11868  |  回复: 11

养菌的

新虫 (初入文坛)

[求助] 用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?

做了26s rDNA D1/D2区测序,一共586bp,然后blast,选了几条相似度超过99%的序列,用MEGA 7.0构建进化树,数值超级低。用了网上五花八门的方法扔不能解决。还请大神们帮忙!!

用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?


用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?-1


发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

sht3670

新虫 (初入文坛)

你好,我也遇到相似问题,完全不懂是怎么回事,你后来怎么解决的?
9楼2017-11-21 09:09:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

养菌的

新虫 (初入文坛)

blast结果只有两种菌株,而且其实是一种菌,只是名字不一样。

发自小木虫IOS客户端
2楼2016-12-16 09:18:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mochenmi

铜虫 (小有名气)

当你用来画树的序列相似度都奇高,分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-12-16 12:09:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

养菌的

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 12:09:13
当你用来画树的序列相似度都奇高,分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

但是不应该就选相似度高的序列比对吗?

发自小木虫IOS客户端
4楼2016-12-16 13:17:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mochenmi

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 养菌的 at 2016-12-16 13:17:59
但是不应该就选相似度高的序列比对吗?
...

要看你的目的是什么了,如果是分类就不需要选这么多高度相似的,2-3条就够了,选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列,把比对相同的区域删掉,剩下的再来画树

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-12-16 13:31:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

养菌的

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 13:31:09
要看你的目的是什么了,如果是分类就不需要选这么多高度相似的,2-3条就够了,选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列,把比对相同的区域删掉,剩下的再来画树
...

目的的话就是确定种属,blast后全是相似度很高的序列,而且就只有一种菌,所以随便怎么选相似度都很高。感觉还是自己不太明白吧,谢谢了

发自小木虫IOS客户端
6楼2016-12-16 14:06:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

养菌的

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 13:31:09
要看你的目的是什么了,如果是分类就不需要选这么多高度相似的,2-3条就够了,选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列,把比对相同的区域删掉,剩下的再来画树
...

还是不行,可不可以加个Q,咨询一下大神!

发自小木虫IOS客户端
7楼2016-12-16 15:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微生物1993

新虫 (初入文坛)

你好,同样的问题,可以指导下吗

发自小木虫Android客户端
8楼2017-03-30 23:57:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梦夏花萁

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 12:09:13
当你用来画树的序列相似度都奇高,分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

能教教我吗,我也是这样的情况

发自小木虫Android客户端
10楼2018-04-12 08:26:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 养菌的 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 341求调剂(一志愿湖南大学070300) +5 番茄头--- 2026-03-22 6/300 2026-03-23 23:45 by Txy@872106
[考研] 298求调剂 +8 上岸6666@ 2026-03-20 8/400 2026-03-23 11:02 by laoshidan
[考研] 一志愿东华大学化学070300,求调剂 +7 2117205181 2026-03-21 8/400 2026-03-22 22:55 by chixmc
[考研] 材料与化工085600,总分304,本科有两篇sci参与,求调剂 +4 幸运的酱酱 2026-03-22 5/250 2026-03-22 20:15 by edmund7
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +11 梨花珞晚风 2026-03-17 11/550 2026-03-22 17:42 by luoyongfeng
[考研] 324求调剂 +6 lucky呀呀呀鸭 2026-03-20 6/300 2026-03-22 16:01 by ColorlessPI
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 化学调剂 +5 yzysaa 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:12 by peike
[考研] 278求调剂 +9 烟火先于春 2026-03-17 9/450 2026-03-21 17:47 by 学员8dgXkO
[考研] 268求调剂 +9 简单点0 2026-03-17 9/450 2026-03-21 15:37 by lature00
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境专硕,总分308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:39 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +15 陌の森林 2026-03-18 15/750 2026-03-20 23:28 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 086500 325 求调剂 +3 领带小熊 2026-03-19 3/150 2026-03-20 18:38 by 尽舜尧1
[考研] 一志愿中国海洋大学,生物学,301分,求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
信息提示
请填处理意见