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养菌的

新虫 (初入文坛)

[求助] 用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?

做了26s rDNA D1/D2区测序,一共586bp,然后blast,选了几条相似度超过99%的序列,用MEGA 7.0构建进化树,数值超级低。用了网上五花八门的方法扔不能解决。还请大神们帮忙!!

用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?


用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?-1


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sht3670

新虫 (初入文坛)

你好,我也遇到相似问题,完全不懂是怎么回事,你后来怎么解决的?
9楼2017-11-21 09:09:11
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普通回帖

养菌的

新虫 (初入文坛)

blast结果只有两种菌株,而且其实是一种菌,只是名字不一样。

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2楼2016-12-16 09:18:51
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mochenmi

铜虫 (小有名气)

当你用来画树的序列相似度都奇高,分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

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3楼2016-12-16 12:09:13
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养菌的

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 12:09:13
当你用来画树的序列相似度都奇高,分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

但是不应该就选相似度高的序列比对吗?

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4楼2016-12-16 13:17:59
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mochenmi

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 养菌的 at 2016-12-16 13:17:59
但是不应该就选相似度高的序列比对吗?
...

要看你的目的是什么了,如果是分类就不需要选这么多高度相似的,2-3条就够了,选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列,把比对相同的区域删掉,剩下的再来画树

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5楼2016-12-16 13:31:09
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养菌的

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 13:31:09
要看你的目的是什么了,如果是分类就不需要选这么多高度相似的,2-3条就够了,选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列,把比对相同的区域删掉,剩下的再来画树
...

目的的话就是确定种属,blast后全是相似度很高的序列,而且就只有一种菌,所以随便怎么选相似度都很高。感觉还是自己不太明白吧,谢谢了

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6楼2016-12-16 14:06:24
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养菌的

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 13:31:09
要看你的目的是什么了,如果是分类就不需要选这么多高度相似的,2-3条就够了,选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列,把比对相同的区域删掉,剩下的再来画树
...

还是不行,可不可以加个Q,咨询一下大神!

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7楼2016-12-16 15:10:54
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微生物1993

新虫 (初入文坛)

你好,同样的问题,可以指导下吗

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8楼2017-03-30 23:57:00
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梦夏花萁

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 12:09:13
当你用来画树的序列相似度都奇高,分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

能教教我吗,我也是这样的情况

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10楼2018-04-12 08:26:04
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