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养菌的

新虫 (初入文坛)

[求助] 用Mega7.0构建进化树，分支上的数值太低了，这是怎么回事呢？

做了26s rDNA D1/D2区测序，一共586bp,然后blast,选了几条相似度超过99%的序列，用MEGA 7.0构建进化树，数值超级低。用了网上五花八门的方法扔不能解决。还请大神们帮忙！！

用Mega7.0构建进化树，分支上的数值太低了，这是怎么回事呢？


用Mega7.0构建进化树，分支上的数值太低了，这是怎么回事呢？-1


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1楼 2016-12-16 09:16:51
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

sht3670

新虫 (初入文坛)
你好，我也遇到相似问题，完全不懂是怎么回事，你后来怎么解决的？
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9楼2017-11-21 09:09:11
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普通回帖

养菌的

新虫 (初入文坛)
blast结果只有两种菌株，而且其实是一种菌，只是名字不一样。

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2楼2016-12-16 09:18:51
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mochenmi

铜虫 (小有名气)
当你用来画树的序列相似度都奇高，分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

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3楼2016-12-16 12:09:13
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养菌的

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 12:09:13
当你用来画树的序列相似度都奇高，分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

但是不应该就选相似度高的序列比对吗？

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4楼2016-12-16 13:17:59
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mochenmi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 养菌的 at 2016-12-16 13:17:59
但是不应该就选相似度高的序列比对吗？
...

要看你的目的是什么了，如果是分类就不需要选这么多高度相似的，2-3条就够了，选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列，把比对相同的区域删掉，剩下的再来画树

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5楼2016-12-16 13:31:09
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养菌的

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 13:31:09
要看你的目的是什么了，如果是分类就不需要选这么多高度相似的，2-3条就够了，选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列，把比对相同的区域删掉，剩下的再来画树
...

目的的话就是确定种属，blast后全是相似度很高的序列，而且就只有一种菌，所以随便怎么选相似度都很高。感觉还是自己不太明白吧，谢谢了

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6楼2016-12-16 14:06:24
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养菌的

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 13:31:09
要看你的目的是什么了，如果是分类就不需要选这么多高度相似的，2-3条就够了，选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列，把比对相同的区域删掉，剩下的再来画树
...

还是不行，可不可以加个Q，咨询一下大神！

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7楼2016-12-16 15:10:54
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微生物1993

新虫 (初入文坛)
你好，同样的问题，可以指导下吗

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8楼2017-03-30 23:57:00
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梦夏花萁

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 12:09:13
当你用来画树的序列相似度都奇高，分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

能教教我吗，我也是这样的情况

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10楼2018-04-12 08:26:04
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