24小时热门版块排行榜    

查看: 11740  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

养菌的

新虫 (初入文坛)

[求助] 用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?

做了26s rDNA D1/D2区测序,一共586bp,然后blast,选了几条相似度超过99%的序列,用MEGA 7.0构建进化树,数值超级低。用了网上五花八门的方法扔不能解决。还请大神们帮忙!!

用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?


用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?-1


发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

养菌的

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 13:31:09
要看你的目的是什么了,如果是分类就不需要选这么多高度相似的,2-3条就够了,选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列,把比对相同的区域删掉,剩下的再来画树
...

目的的话就是确定种属,blast后全是相似度很高的序列,而且就只有一种菌,所以随便怎么选相似度都很高。感觉还是自己不太明白吧,谢谢了

发自小木虫IOS客户端
6楼2016-12-16 14:06:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

养菌的

新虫 (初入文坛)

blast结果只有两种菌株,而且其实是一种菌,只是名字不一样。

发自小木虫IOS客户端
2楼2016-12-16 09:18:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mochenmi

铜虫 (小有名气)

当你用来画树的序列相似度都奇高,分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-12-16 12:09:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

养菌的

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 12:09:13
当你用来画树的序列相似度都奇高,分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

但是不应该就选相似度高的序列比对吗?

发自小木虫IOS客户端
4楼2016-12-16 13:17:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见