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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 用Mega7.0构建进化树，分支上的数值太低了，这是怎么回事呢？
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养菌的

新虫 (初入文坛)

[求助] 用Mega7.0构建进化树，分支上的数值太低了，这是怎么回事呢？

做了26s rDNA D1/D2区测序，一共586bp,然后blast,选了几条相似度超过99%的序列，用MEGA 7.0构建进化树，数值超级低。用了网上五花八门的方法扔不能解决。还请大神们帮忙！！

用Mega7.0构建进化树，分支上的数值太低了，这是怎么回事呢？


用Mega7.0构建进化树，分支上的数值太低了，这是怎么回事呢？-1


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1楼 2016-12-16 09:16:51
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养菌的

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mochenmi at 2016-12-16 12:09:13
当你用来画树的序列相似度都奇高，分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

但是不应该就选相似度高的序列比对吗？

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4楼2016-12-16 13:17:59
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养菌的

新虫 (初入文坛)
blast结果只有两种菌株，而且其实是一种菌，只是名字不一样。

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2楼2016-12-16 09:18:51
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mochenmi

铜虫 (小有名气)
当你用来画树的序列相似度都奇高，分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起

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3楼2016-12-16 12:09:13
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mochenmi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 养菌的 at 2016-12-16 13:17:59
但是不应该就选相似度高的序列比对吗？
...

要看你的目的是什么了，如果是分类就不需要选这么多高度相似的，2-3条就够了，选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列，把比对相同的区域删掉，剩下的再来画树

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5楼2016-12-16 13:31:09
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