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用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?
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养菌的
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用Mega7.0构建进化树,分支上的数值太低了,这是怎么回事呢?
做了26s rDNA D1/D2区测序,一共586bp,然后blast,选了几条相似度超过99%的序列,用MEGA 7.0构建进化树,数值超级低。用了网上五花八门的方法扔不能解决。还请大神们帮忙!!
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1楼
2016-12-16 09:16:51
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5楼
:
Originally posted by
mochenmi
at 2016-12-16 13:31:09
要看你的目的是什么了,如果是分类就不需要选这么多高度相似的,2-3条就够了,选一点同属不同种的或者同科类似属的序列。
如果一定要这么多相似序列,把比对相同的区域删掉,剩下的再来画树
...
还是不行,可不可以加个Q,咨询一下大神!
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7楼
2016-12-16 15:10:54
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养菌的
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blast结果只有两种菌株,而且其实是一种菌,只是名字不一样。
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2楼
2016-12-16 09:18:51
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当你用来画树的序列相似度都奇高,分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起
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3楼
2016-12-16 12:09:13
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3楼
:
Originally posted by
mochenmi
at 2016-12-16 12:09:13
当你用来画树的序列相似度都奇高,分值就会低。因为软件不知道每一次该把那两个分在一起
但是不应该就选相似度高的序列比对吗?
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4楼
2016-12-16 13:17:59
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