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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于DNA测序结果分析的一些问题
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叶叶梦斐

新虫 (初入文坛)

[交流] 关于DNA测序结果分析的一些问题 已有11人参与

我要克隆某一物种中的新基因，根据其他物种上已发现的同源基因的DNA序列设计了引物，然后做了PCR，割胶回收，TA克隆，最后送出去测序，我想知道应该怎么分析得到测序结果？怎样才能知道测序结果是不是我想要的目的基因？我用的方法是在测得的DNA序列中找到PCR时用的上下游引物（或者上下游引物的反向互补序列），然后把引物之间的序列放到NCBI中进行blastn，看能不能比对到与目的基因相似度比较高的序列。但是我用这个方法分析了几十个测序结果，没有一个比对成功的。我想问一下这个方法对吗？有没有什么其他更好的方法？谢谢！
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1楼 2016-11-16 10:02:01
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zjsy_xff

新虫 (初入文坛)
★
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你在比对的时候，可以将相似度勾选somewhat，看能不能比对到条带。如果还是没有的话，那拿到的可能就是非特异性结合的条带。

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7楼2016-11-21 08:03:13
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great07225388

新虫 (著名写手)
★
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你有没有正反方向都对比一下？

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8楼2016-11-21 16:17:39
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普通回帖

a13515517892

木虫 (小有名气)
★
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等测序结果出来了比对一下你的测序结果和库里面的序列就可以
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2楼2016-11-16 10:52:16
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叶叶梦斐

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by a13515517892 at 2016-11-16 10:52:16
等测序结果出来了比对一下你的测序结果和库里面的序列就可以

测序结果包含了自己PCR的序列，也包含了一些载体的序列，我想知道的是怎么找到不含载体的PCR序列？我在上面也说了我通过找引物的方法初步确定了PCR序列，但是一个都没有比对成功，所以我想问是不是的用的方法不对？有没有什么更好的方法？谢谢
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3楼2016-11-16 16:30:01
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snmrna

铁杆木虫 (著名写手)
★
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NCBI-BLAST-VECSCREEN

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4楼2016-11-17 13:28:45
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liugs

禁虫 (正式写手)
★
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西门吹雪170: 屏蔽内容, 禁止发布商业性回帖 2017-02-01 22:37:55
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5楼2016-11-17 13:45:16
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wardwaads

银虫 (小有名气)
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引用回帖:
3楼: Originally posted by 叶叶梦斐 at 2016-11-16 16:30:01
测序结果包含了自己PCR的序列，也包含了一些载体的序列，我想知道的是怎么找到不含载体的PCR序列？我在上面也说了我通过找引物的方法初步确定了PCR序列，但是一个都没有比对成功，所以我想问是不是的用的方法不对？ ...

按道理你这种方法是没错的 ，

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6楼2016-11-17 14:14:37
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wp870727290

新虫 (小有名气)
★
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NCBI blast，或者DNAMAN blast都可以的啊。
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9楼2016-12-30 10:48:23
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小泽是深井冰

铁虫 (初入文坛)
★
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geneious，非常好用的一个软件。
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吃了脑残片的小泽
10楼2017-01-03 22:46:47
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