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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】什么是PMF(平均力势),他的物理意义是什么?

如题,经常提到平均力势,potential of mean force(PMF),那么它是用来表示什么的,有什么意义呢

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:53 ]
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panda_wendao

金虫 (小有名气)

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢你的回答,欢迎再次光临计算模拟版!
可以吧,一般用伞状抽样和wham
7楼2008-12-03 22:41:00
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dolphin100

木虫 (正式写手)

呵呵,顶一下, 咱俩有共同疑惑,我也不太理解!感觉和体系势能差不多,认识很模糊
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
2楼2008-12-01 21:25:15
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panda_wendao

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+4,VIP+0):非常感谢您的回答!
我理解是这样,描述一个体系的不同状态,需要有一个比较有区分度的变量,这个变量叫“反应坐标”,正确的选取反应坐标非常重要,需要对所研究体系的本质有比较深入的了解,比如蛋白质模拟中振动频率比较小的二面角,拉伸问题中的位移等等。
体系的配分函数是Q,他是对玻尔兹曼因子在所有自由度的上的积分,lnQ对应自由能,但这个量表示的是整个体系处在平衡态的热力学性质,我们可能更关心体系的不同状态的区别,所以在积分时加上一个delta函数:delta(z-x)其中z是反应坐标,得到的就是平均力势PMF,可以理解为反应坐标为x时体系的自由能。
3楼2008-12-02 00:22:16
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

非常感谢!我相继续问一下您:PMF或是NAMD这种MD软件是否可以用来计算得出蛋白质-配体结合前与结合后的结合自由能的变化情况呢?
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-12-02 10:27:52
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