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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】什么是PMF(平均力势),他的物理意义是什么?

如题,经常提到平均力势,potential of mean force(PMF),那么它是用来表示什么的,有什么意义呢

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:53 ]
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

非常感谢!我相继续问一下您:PMF或是NAMD这种MD软件是否可以用来计算得出蛋白质-配体结合前与结合后的结合自由能的变化情况呢?
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-12-02 10:27:52
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dolphin100

木虫 (正式写手)

呵呵,顶一下, 咱俩有共同疑惑,我也不太理解!感觉和体系势能差不多,认识很模糊
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
2楼2008-12-01 21:25:15
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panda_wendao

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+4,VIP+0):非常感谢您的回答!
我理解是这样,描述一个体系的不同状态,需要有一个比较有区分度的变量,这个变量叫“反应坐标”,正确的选取反应坐标非常重要,需要对所研究体系的本质有比较深入的了解,比如蛋白质模拟中振动频率比较小的二面角,拉伸问题中的位移等等。
体系的配分函数是Q,他是对玻尔兹曼因子在所有自由度的上的积分,lnQ对应自由能,但这个量表示的是整个体系处在平衡态的热力学性质,我们可能更关心体系的不同状态的区别,所以在积分时加上一个delta函数:delta(z-x)其中z是反应坐标,得到的就是平均力势PMF,可以理解为反应坐标为x时体系的自由能。
3楼2008-12-02 00:22:16
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dolphin100

木虫 (正式写手)

同样想请教三楼高手: PMF或是Discovery,NAMD这种MD软件是否可以用来计算得出蛋白质构象转变整个过程中的自由能的变化情况呢?
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
5楼2008-12-03 00:14:46
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