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gwdavid木虫 (著名写手)
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[交流]
【求助】什么是PMF（平均力势），他的物理意义是什么？
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如题，经常提到平均力势，potential of mean force(PMF),那么它是用来表示什么的，有什么意义呢 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:53 ] |
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gwdavid(金币+4,VIP+0):非常感谢您的回答！
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我理解是这样，描述一个体系的不同状态，需要有一个比较有区分度的变量，这个变量叫“反应坐标”，正确的选取反应坐标非常重要，需要对所研究体系的本质有比较深入的了解，比如蛋白质模拟中振动频率比较小的二面角，拉伸问题中的位移等等。 体系的配分函数是Q，他是对玻尔兹曼因子在所有自由度的上的积分，lnQ对应自由能，但这个量表示的是整个体系处在平衡态的热力学性质，我们可能更关心体系的不同状态的区别，所以在积分时加上一个delta函数：delta（z-x）其中z是反应坐标，得到的就是平均力势PMF，可以理解为反应坐标为x时体系的自由能。 |
3楼2008-12-02 00:22:16
gwdavid
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gwdavid(金币+5,VIP+0):真正有价值的答案，感谢！
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When the system is in a solvent, the PMF incorporates solvent effects as well as the intrinsic interaction between the two particles. When the same two particles were brought together in the gas phase, the free energy would simply be the pair potential , which has only a single minimum. But the PMF between two particles in liquid oscillates with maximum and minimum. For a given separation between the two molecules, the PMF describes an average over all the conformations of the surrounding solvent molecules. Various methods have been proposed for calculating potentials of mean force. The simplest representation of the PMF is to use the separation between two particles as the reaction coordinate. The PMF is related to the radial distribution function using the following expression for the Helmholtz free energy A(r)=-KbTlng(r)+const |
6楼2008-12-03 00:20:33
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