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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请教，如何预测一个蛋白和另一个基因有相互作用关系？
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

[求助] 请教，如何预测一个蛋白和另一个基因有相互作用关系？ 已有3人参与

已知条件：原核生物，某蛋白A能结合某靶基因B，蛋白A有一个同源蛋白a，基因B有一个同源基因b。无文献报道a和b有相互作用。
问题：如何用生物信息学手段预测a和b之间有相互作用（a能结合到b的启动子上）？
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
1楼 2016-11-02 11:17:51
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lusandanooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by sungel at 2016-11-07 17:29:54
Ｎａｔｉｖｅ－ｐａｇｅ先看看两者是否有结合，又结合的话，可以用ｂｉｏｃｏｒｅ测出来的

哦，谢谢，我需要用生物信息学手段预测，不是实验证明。
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
14楼2016-11-09 08:56:12
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
顶
2楼2016-11-02 11:31:28
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
3楼2016-11-02 16:24:18
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
顶

发自小木虫Android客户端
4楼2016-11-03 08:47:24
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yangbaov

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lusandanooo: 金币+5, ★有帮助 2016-11-03 17:20:58
kuaile5420: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-11-04 23:29:23
小分子能否和protein作用可以用对接，大分子（dna）和protein作用也可以预测，有软件的。这是我几年前看到的文献，现在忘了名字了。 不过预测结果非常不准确。 如果有AB的晶体结构你可以看看晶体结构中AB的internation interface残基和核苷酸如何作用的。 找到同源蛋白a和同源基因b同样位置的残疾与核苷酸，看结构是否差异较大，如果差异较小，那么认为很可能有相互作用。
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5楼2016-11-03 09:05:29
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yangbaov at 2016-11-03 09:05:29
小分子能否和protein作用可以用对接，大分子（dna）和protein作用也可以预测，有软件的。这是我几年前看到的文献，现在忘了名字了。 不过预测结果非常不准确。 如果有AB的晶体结构你可以看看晶体结构中AB的internat ...

A有晶体结构，但文章没发表，不知道参与相互作用的残基。小分子和蛋白能用autodock做对接，但DNA和蛋白我试了，对接不了总是报错......
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
6楼2016-11-03 17:20:37
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lz0308

木虫 (正式写手)
蛋白a有没有文章报道是转录因子

发自小木虫Android客户端
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我是一只小小小小乌龟，爬啊爬啊爬啊爬、、、、、
7楼2016-11-03 17:45:37
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lusandanooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lz0308 at 2016-11-03 17:45:37
蛋白a有没有文章报道是转录因子

额，应该算是转录因子，蛋白C端是H-T-H结构，能结合在DNA上的。不过原核生物有转录因子一说吗？
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
8楼2016-11-04 08:45:02
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
8楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-04 08:45:02
额，应该算是转录因子，蛋白C端是H-T-H结构，能结合在DNA上的。不过原核生物有转录因子一说吗？...

好像DNA和蛋白相互作用模拟的文章挺多的 可以搜一下。单纯晶体和DNA复合物晶体构象肯定会有差异，直接对接不一定准确。
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9楼2016-11-05 02:40:50
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yangbaov

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-03 17:20:37
A有晶体结构，但文章没发表，不知道参与相互作用的残基。小分子和蛋白能用autodock做对接，但DNA和蛋白我试了，对接不了总是报错.........

有专门的dna和蛋白质对接软件。 但使用起来比autodock和gold要繁琐一些。
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10楼2016-11-07 09:51:45
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