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lusandanooo

银虫 (小有名气)

[求助] 请教,如何预测一个蛋白和另一个基因有相互作用关系? 已有3人参与

已知条件:原核生物,某蛋白A能结合某靶基因B,蛋白A有一个同源蛋白a,基因B有一个同源基因b。无文献报道a和b有相互作用。
问题:如何用生物信息学手段预测a和b之间有相互作用(a能结合到b的启动子上)?
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毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
8楼: Originally posted by lusandanooo at 2016-11-04 08:45:02
额,应该算是转录因子,蛋白C端是H-T-H结构,能结合在DNA上的。不过原核生物有转录因子一说吗?...

好像DNA和蛋白相互作用模拟的文章挺多的 可以搜一下。单纯晶体和DNA复合物晶体构象肯定会有差异,直接对接不一定准确。
9楼2016-11-05 02:40:50
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

4楼2016-11-03 08:47:24
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yangbaov

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lusandanooo: 金币+5, 有帮助 2016-11-03 17:20:58
kuaile5420: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-11-04 23:29:23
小分子能否和protein作用可以用对接,大分子(dna)和protein作用也可以预测,有软件的。这是我几年前看到的文献,现在忘了名字了。 不过预测结果非常不准确。 如果有AB的晶体结构你可以看看晶体结构中AB的internation interface残基和核苷酸如何作用的。 找到同源蛋白a和同源基因b同样位置的残疾与核苷酸,看结构是否差异较大,如果差异较小,那么认为很可能有相互作用。
5楼2016-11-03 09:05:29
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yangbaov at 2016-11-03 09:05:29
小分子能否和protein作用可以用对接,大分子(dna)和protein作用也可以预测,有软件的。这是我几年前看到的文献,现在忘了名字了。 不过预测结果非常不准确。 如果有AB的晶体结构你可以看看晶体结构中AB的internat ...

A有晶体结构,但文章没发表,不知道参与相互作用的残基。小分子和蛋白能用autodock做对接,但DNA和蛋白我试了,对接不了总是报错......
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
6楼2016-11-03 17:20:37
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