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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】紧急求助
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dolphin100

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】紧急求助

修回稿中审稿人让计算蛋白质的native contact number?什么软件可以做啊
本人做了个MD实验,有轨迹文件, 用什么软件计算得到?如何计算? VMD,insightII??......
由于稿子需要快速回复, 着急等待高手赐教!
不胜感激!

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-10 at 15:06 ]
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
1楼 2008-11-27 20:52:24
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
不大懂你的意思。如果计算MD的话，MS的discover，以及insightII的discover可以做。
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-11-28 08:45:09
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dolphin100

木虫 (正式写手)
insightII里哪里可以计算nativie contacts
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2008-11-28 20:00:49
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dolphin100

木虫 (正式写手)
我目前有分子动力学模拟完后的轨迹文件，文件里有10000个构象，我想计算这10000个构象你的自然接触情况.大家觉得该用什么软件计算
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
4楼2008-11-28 20:01:54
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
dolphin100(金币+1,VIP+0):感谢进来顶!
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
我也不太清楚，帮你顶吧
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2008-11-28 20:39:49
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
我也做蛋白质，但也还从来没见过这个native contact number， 我猜会不会是b-factor呢
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
6楼2008-11-28 22:23:53
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dolphin100

木虫 (正式写手)
呵呵,就是蛋白质中骨架上的C-alpha原子的自然接触数,审稿人让计算的,
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
7楼2008-11-29 17:23:27
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢
自己编个程序算一下就是了。
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8楼2009-01-05 12:48:00
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QQQ9589

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dolphin100 at 2008-11-28 20:01:
我目前有分子动力学模拟完后的轨迹文件，文件里有10000个构象，我想计算这10000个构象你的自然接触情况.大家觉得该用什么软件计算

我不是做蛋白质的，但是我正在学分子动力学，请问“分子动力学模拟完后的轨迹文件，文件里有10000个构象”， 这个1000个构想是什么意思啊？谢谢
祝你好运啊
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9楼2009-01-05 13:19:50
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wgpig

木虫 (小有名气)
★ ★
yyx19840628(金币+2,VIP+0):欢迎交流
if( Rij <= cof * R0) NumContact++;

Rij               轨迹中的距离，
R0              PDB中的距离。
NumContact native contact 数。

[ Last edited by wgpig on 2009-1-5 at 16:18 ]
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10楼2009-01-05 16:13:09
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