应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】紧急求助
141/2返回列表12下一页
查看: 910  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

dolphin100

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】紧急求助

修回稿中审稿人让计算蛋白质的native contact number?什么软件可以做啊
本人做了个MD实验,有轨迹文件, 用什么软件计算得到?如何计算? VMD,insightII??......
由于稿子需要快速回复, 着急等待高手赐教!
不胜感激!

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-10 at 15:06 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
1楼 2008-11-27 20:52:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
不大懂你的意思。如果计算MD的话，MS的discover，以及insightII的discover可以做。
赞一下(10人) 回复此楼
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-11-28 08:45:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)
insightII里哪里可以计算nativie contacts
赞一下 回复此楼
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2008-11-28 20:00:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)
我目前有分子动力学模拟完后的轨迹文件，文件里有10000个构象，我想计算这10000个构象你的自然接触情况.大家觉得该用什么软件计算
赞一下 回复此楼
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
4楼2008-11-28 20:01:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
dolphin100(金币+1,VIP+0):感谢进来顶!
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
我也不太清楚，帮你顶吧
赞一下(11人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2008-11-28 20:39:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
我也做蛋白质，但也还从来没见过这个native contact number， 我猜会不会是b-factor呢
赞一下(10人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
6楼2008-11-28 22:23:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)
呵呵,就是蛋白质中骨架上的C-alpha原子的自然接触数,审稿人让计算的,
赞一下 回复此楼
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
7楼2008-11-29 17:23:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢
自己编个程序算一下就是了。
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2009-01-05 12:48:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

QQQ9589

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dolphin100 at 2008-11-28 20:01:
我目前有分子动力学模拟完后的轨迹文件，文件里有10000个构象，我想计算这10000个构象你的自然接触情况.大家觉得该用什么软件计算

我不是做蛋白质的，但是我正在学分子动力学，请问“分子动力学模拟完后的轨迹文件，文件里有10000个构象”， 这个1000个构想是什么意思啊？谢谢
祝你好运啊
赞一下 回复此楼
9楼2009-01-05 13:19:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wgpig

木虫 (小有名气)
★ ★
yyx19840628(金币+2,VIP+0):欢迎交流
if( Rij <= cof * R0) NumContact++;

Rij               轨迹中的距离，
R0              PDB中的距离。
NumContact native contact 数。

[ Last edited by wgpig on 2009-1-5 at 16:18 ]
赞一下(10人) 回复此楼
10楼2009-01-05 16:13:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dolphin100 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭