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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】紧急求助
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dolphin100

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】紧急求助

修回稿中审稿人让计算蛋白质的native contact number?什么软件可以做啊
本人做了个MD实验,有轨迹文件, 用什么软件计算得到?如何计算? VMD,insightII??......
由于稿子需要快速回复, 着急等待高手赐教!
不胜感激!

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-10 at 15:06 ]
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
1楼 2008-11-27 20:52:24
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wgpig

木虫 (小有名气)
★ ★
yyx19840628(金币+2,VIP+0):欢迎交流
if( Rij <= cof * R0) NumContact++;

Rij               轨迹中的距离，
R0              PDB中的距离。
NumContact native contact 数。

[ Last edited by wgpig on 2009-1-5 at 16:18 ]
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10楼2009-01-05 16:13:09
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
不大懂你的意思。如果计算MD的话，MS的discover，以及insightII的discover可以做。
赞一下(10人) 回复此楼
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-11-28 08:45:09
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dolphin100

木虫 (正式写手)
insightII里哪里可以计算nativie contacts
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2008-11-28 20:00:49
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dolphin100

木虫 (正式写手)
我目前有分子动力学模拟完后的轨迹文件，文件里有10000个构象，我想计算这10000个构象你的自然接触情况.大家觉得该用什么软件计算
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
4楼2008-11-28 20:01:54
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