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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » NCBI上的序列下载建树对序列的选择要求。
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还在fighting

新虫 (初入文坛)

[求助] NCBI上的序列下载建树对序列的选择要求。 已有2人参与

我是要做一个目里面几十个种的进化树，然后我选取16S的序列，但是序列长短差距较大一些1500多，一些500多(没法选择长度基本一致的，因为有些只有这么一个)，然后我该怎么去建树呢？我自己跑了一下来看，建出来的树看着完全不对。一个科的都不能聚在一起。是不是序列选取有问题呢？还是应该怎么做？

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1楼 2016-10-21 11:39:08
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secretov

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by secretov at 2016-10-22 23:02:54
您用的是16s基因的片段是么，由不同酶切位点切出来的片段么。 我看到文献里，用16s基因建树的时候虽然可以用片段，似乎是用同一引物扩增出来，也就是同一段的片段（这种形容可能不准确）且片段大小也是差不多的。  ...

不好意思 今天有点事 明天发你邮箱

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10楼2016-10-25 00:51:18
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secretov

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-10-24 22:36:37
用核苷酸序列还是蛋白质序列建树的呢，用的什么软件呢，MEGA么，其实可以用PAUP4来试一下，而且算之前最好用mrbayes-3.1.2 算一下选择什么模型。而且还要看你选择用什么算法，一般是用邻接法（Neighbor-Joining，NJ）、最大似然法（Maximum likelihood，ML）和最大简约法（Maximum parsimony，MP），我老师教我的时候是说用这三种算法分别建树，看是不是结果相似，相似就是对的。另外选择一个合适外群也挺重要的。我也才在学习这方面的，欢迎讨论。
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2楼2016-10-22 15:52:38
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secretov

捐助贵宾 (小有名气)
长短不一是什么意思呢，我觉得只要序列是全的就可以，不全应该不行
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3楼2016-10-22 15:56:26
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还在fighting

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by secretov at 2016-10-22 15:52:38
用核苷酸序列还是蛋白质序列建树的呢，用的什么软件呢，MEGA么，其实可以用PAUP4来试一下，而且算之前最好用mrbayes-3.1.2 算一下选择什么模型。而且还要看你选择用什么算法，一般是用邻接法（Neighbor-Joining，NJ ...

我是用Mrbayes建树，外群选择的是一个纲里面的另外一个目，并且用mega的ML建树进行比对，我现在的问题就是在NCBI上选择的序列别人用的酶切位点不一样，做出来的序列长度不一样，这样建树就有问题。不知道该怎么解决，

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4楼2016-10-22 17:01:26
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