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NCBI上的序列下载建树对序列的选择要求。 已有2人参与
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我是要做一个目里面几十个种的进化树，然后我选取16S的序列，但是序列长短差距较大一些1500多，一些500多(没法选择长度基本一致的，因为有些只有这么一个)，然后我该怎么去建树呢？我自己跑了一下来看，建出来的树看着完全不对。一个科的都不能聚在一起。是不是序列选取有问题呢？还是应该怎么做？ 发自小木虫Android客户端 |
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6楼2016-10-22 23:02:54
【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-10-24 22:36:37
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-10-24 22:36:37
| 用核苷酸序列还是蛋白质序列建树的呢，用的什么软件呢，MEGA么，其实可以用PAUP4来试一下，而且算之前最好用mrbayes-3.1.2 算一下选择什么模型。而且还要看你选择用什么算法，一般是用邻接法（Neighbor-Joining，NJ）、最大似然法（Maximum likelihood，ML）和最大简约法（Maximum parsimony，MP），我老师教我的时候是说用这三种算法分别建树，看是不是结果相似，相似就是对的。另外选择一个合适外群也挺重要的。我也才在学习这方面的，欢迎讨论。 |
2楼2016-10-22 15:52:38
3楼2016-10-22 15:56:26
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我是用Mrbayes建树，外群选择的是一个纲里面的另外一个目，并且用mega的ML建树进行比对，我现在的问题就是在NCBI上选择的序列别人用的酶切位点不一样，做出来的序列长度不一样，这样建树就有问题。不知道该怎么解决， 发自小木虫Android客户端 |
4楼2016-10-22 17:01:26
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5楼2016-10-22 17:02:00
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7楼2016-10-24 20:19:10
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