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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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菱紫369

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎样用一段基因和基因组的序列进行比对呢?

求助:我想要做一个苜蓿的基因定量,可是没有序列不能设计引物,所以想拿拟南芥的这个基因和苜蓿的基因组进行比对,得到序列后设计引物,可是不知道这么做对不对,还有不知道怎么比对?如果想法不对请知道的大神指点!急急急!有谁知道请帮忙,万分感谢!

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ygidtu

新虫 (正式写手)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 菱紫369 at 2016-10-16 20:33:07
拟南芥的是有,我要的是苜蓿的啊!苜蓿的全基因组是有了,但是找不到想要的基因……
...

就是那拟南芥的那个基因,去匹配苜蓿的基因组,blast出来的相似性高的应该就是么,如果所有数据都在你本地,你可以本地跑一个看看。毕竟如果你在线的不好,本地跑一下我感觉更能确定原因。

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13楼2016-10-16 20:39:57
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查看全部 16 个回答

ygidtu

新虫 (正式写手)

看一下序列相似度,相似程度够高,应该可以做一下试一试

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2楼2016-10-16 19:38:15
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ygidtu

新虫 (正式写手)

至于比对的话,先找一下有没有苜蓿的基因组数据再说吧

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3楼2016-10-16 19:39:29
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李保磊

金虫 (著名写手)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-10-16 22:22:38
可以先去NCBI将苜蓿的序列全部下载下来,然后blast,这样才可靠,你要是拟南芥的话,必须找一些保守区域,也有可能出现问题,而且费些时间

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做最棒的自己!!
4楼2016-10-16 19:42:20
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