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张小蛋

新虫 (小有名气)

[求助] 利用CODEHOP软件简并引物设计

已经设计了一对引物,可以得到目的条带,但筛选不出来,现在重新设计,希望可以筛选到,有几个问题,希望大家帮忙解答~
1.利用我自己的产酶基因(来源里氏木霉)在NCBI中进行blastx(核酸blast蛋白),得到一百条同源序列,ident有高有低,将这100条保存成fasta格式,保守序列对比
问题:我选的序列是否合理,多不多,还是只选择几个有代表性的?
2.codon usage table中没有我的里氏木霉,倒是有相似性75%的Neurospora crassa 我可以选这个嘛?该怎么选呢?
3.目的:从土壤中筛选未培养产酶微生物
如果这次成功,一定写一个分享教程,希望大家帮帮我啊~

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张小蛋

新虫 (小有名气)

xn8008: 欢迎发帖交流 2016-10-13 11:45:54
补充:对于第二个codon usage table的选择问题上,我考虑的是怕选择75%相似性的这个,土壤中可能含量很少~有点不太明白,希望大家答疑解惑

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2楼2016-10-13 10:23:04
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