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天下为公5592

铜虫 (著名写手)

[交流] 【求助】新手请教分子模拟问题 已有5人参与

我想做氨基酸或多肽在方解石表面的动力学模拟,用哪个软件比较好?

我只知道人家有用Material Studio做模拟的。

还有个问题是:蒙特卡罗模拟到底是用什么软件?是自己编程的吗?

谢谢指点!

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 14:19 ]
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-25 13:25:38
引用回帖:
Originally posted by dellus at 2011-03-24 05:41:13:
MC模拟的实际是体系的pratition function,不同的configuration之间没有时间联系,如果硬要把configuration间建立时间顺序则会出现问题。假设我用不同的trial move方法,例如repation和pivot,两者效率不同,得 ...

MC 难道不能模拟Stochastic Dynamic?

另外,MD得到的也不一定是Deterministic Dynamics。

还是要根据体系的实际情况。
23楼2011-03-25 00:38:04
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fansw1129

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
蒙特卡罗是一种方法
如果搞的好的话,可以做很多的工作
现在需要自己写程序
2楼2008-11-23 08:48:32
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天下为公5592

铜虫 (著名写手)

请问:是用C语言编写吗?用什么软件编程呢?
3楼2008-11-23 10:37:06
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天下为公5592

铜虫 (著名写手)

十分感谢您的回答,对我启发很大,我想做方解石晶体表面与氨基酸的分子动力学模拟,你说哪个软件比较适合呢?
5楼2008-11-23 13:21:35
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