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溶在梦里

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[求助] miRNA与靶基因3'UTR区的SNP结合能的预测

最近在对miRNA与靶基因3'UTR区的SNP结合能的预测, 想了解靶基因3'UTR区SNP不同等位位点与同一miRNA结合, 其结合能的差异. 看到一篇IF=5分多的文献, 用的是Thermodynamic model, 结果如图,附件. 由于知识有限, 我折腾了好些天都搞不清楚, 文献Minimum Free Energy (MFE)是怎么算的, 也不懂它的图怎么画出来。另外，图二，大家知道用哪个网页或者软件得到的吗？希望得到各位大神的帮助! 如果大家有更好的方法 ,也欢迎分享,谢谢!~~
以下是图中符号的标注
EIntermediate is the energy necessary to make the target region accessible for miRNA binding,
EComplex is the energy of miRNA–target complex. The activation energy,
E(a), is represented by the difference between EIntermediate and ETarget, whereas the binding energy,
E(b), is the difference between EComplex and ETarget

图1.png

图2.png

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1楼 2016-09-22 10:49:54

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寻找1

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哪篇文献呀？

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2楼2016-09-22 12:03:43

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2楼: Originally posted by 寻找1 at 2016-09-22 12:03:43
哪篇文献呀？

图1是来自附件1的文献，图2来自附件2文献的补充文件（附件3）

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2016-09-22 15:20:20, 1.27 M