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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 分子生理 » 如何从基因或蛋白层面表征微生物的繁殖速率快？活性高？
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wuyundang

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[求助] 如何从基因或蛋白层面表征微生物的繁殖速率快？活性高？ 已有1人参与

求问
我有两个处理，纯菌，其中一个处理的微生物生长更快、繁殖更快。
我想从蛋白或者分子生物学层面给一个测试结果，说明确实生理活性很高繁殖得快。

应该测什么东西呢？比如测基因表达，应该测什么基因的表达？代谢相关的吗？代谢相关的是什么基因……？
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1楼 2016-09-09 08:52:36
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

kuaile5420

专家顾问 (著名写手)
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3楼: Originally posted by wuyundang at 2016-09-09 09:48:15
做了RNA-seq，但是不是很明白哪个基因才与它的生长繁殖有关。
整个转录组数据中，显著上调的基因数并不多，只有不到一百个，通过KEGG分析，没有看到那条通路有明显的上调（主要是上调的基因数少）。所以我想先找到 ...

这个通过文献调研，基因不到100个，都查一下时间也不会很久的，在NCBI中都查下，自己再选出其中与繁殖（增值）相关的基因，可能到最后也不会很多的。还有就是上调和下调都有可能影响繁殖的。你也可以查一部分，比如查够5个基因，自己再走下定量验证下是不是和RNA-seq结果一致，确定了研究目标后，再往下做。
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坚持到底就是胜利！
4楼2016-09-09 09:57:20
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kuaile5420

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖提问 2016-09-09 09:09:47
wuyundang: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢 2016-09-09 10:48:21
你可以查下你（其他）细菌的相关文献，看看有没有具体的基因参与生长调控的，然后做下这个基因的RT-qPCR看看该基因是否变化。当然，如果有钱的话，可以收集处理和不处理的细菌的total RNA，做个RNA-seq，挑选出其中的差异基因，再进行文献调研，确定你要研究的基因。
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坚持到底就是胜利！
2楼2016-09-09 09:06:38
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wuyundang

捐助贵宾 (小有名气)
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2楼: Originally posted by kuaile5420 at 2016-09-09 09:06:38
你可以查下你（其他）细菌的相关文献，看看有没有具体的基因参与生长调控的，然后做下这个基因的RT-qPCR看看该基因是否变化。当然，如果有钱的话，可以收集处理和不处理的细菌的total RNA，做个RNA-seq，挑选出其中 ...

做了RNA-seq，但是不是很明白哪个基因才与它的生长繁殖有关。
整个转录组数据中，显著上调的基因数并不多，只有不到一百个，通过KEGG分析，没有看到那条通路有明显的上调（主要是上调的基因数少）。所以我想先找到与它“繁殖”速率相关的基因。
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3楼2016-09-09 09:48:15
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wuyundang

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5楼2016-09-09 10:14:30
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kuaile5420

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-09-10 22:36:22
在NCBI种查询基因功能有两种办法：一个是直接在pubmed进行文献搜索，输入这个基因名称+细菌，或者直接输入该基因名称，进入摘要，看是否与增值（繁殖）有关系，如果有的话没就算找到一个基因；另外一种就是在NCBI的gene数据库中输入该基因，在检索界面选择相应物种，查看该基因功能。
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坚持到底就是胜利！
6楼2016-09-09 13:17:26
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zyfskj

新虫 (著名写手)
请问你菌的生长更快是跟指它通过一些改造以后跟原始菌相比还是？

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向我乞求怜悯吧，我会狠狠拒绝的。
7楼2016-09-10 14:49:04
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shanyue00

铁杆木虫 (著名写手)
蛋白还有磷元素的。可以给个例子么

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耐心说话，好好说话！
8楼2016-09-11 07:46:42
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wuyundang

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6楼: Originally posted by kuaile5420 at 2016-09-09 13:17:26
在NCBI种查询基因功能有两种办法：一个是直接在pubmed进行文献搜索，输入这个基因名称+细菌，或者直接输入该基因名称，进入摘要，看是否与增值（繁殖）有关系，如果有的话没就算找到一个基因；另外一种就是在NCBI的 ...

多谢多谢，我查查试试
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9楼2016-09-11 13:13:17
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wuyundang

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7楼: Originally posted by zyfskj at 2016-09-10 14:49:04
请问你菌的生长更快是跟指它通过一些改造以后跟原始菌相比还是？

是指我有不同的培养条件。通过提取总蛋白，可以看到处理组比对照组生长的生物膜更多，这时候已经看到它们增殖、生物膜的生长更快了。
于是我认为它自身的代谢或者繁殖能力应该是增强了的，我想用一个分子生物学层面的数据这个意思：它确实增强了。比如说整体代谢的基因变强了，不过我不知道应该找那些个具有代表性的基因。
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10楼2016-09-11 13:16:07
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