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majun04

木虫 (著名写手)

majun

[交流] 【求助】计算过渡态,优化初始反应物遇到困难请帮忙!

想计算一个质子氢参与的化学反应。第一个定点应该是质子氢和反应物放在一起优化结构。因为是能量图中的初始定点,要求氢离子和反应分子没有相互作用,所以放置位置设置为3埃,发现优化以后,氢离子和我的分子中带有负电荷的原子成键了(这重情况在计算带有电荷的离子解离开的时候也发生过,依然没有解决)。调节距离后(6埃),优化结构依然错误,输出文件提示如下:
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -132.764483473     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.1330D-01             -V/T =  2.0229
             S**2   =   0.0000
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/majun/gaussian03/g03/l502.exe at Wed Nov 19 00:45:40 2008.
Job cpu time:  0 days  0 hours  2 minutes  2.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     11 Int=      0 D2E=      0 Chk=      4 Scr=      1

因为是第一次计算带有电荷的原子参与的反应过渡态,所以很困惑。请高手帮忙指点一下。
还有就是在计算反应过程中,对A+B-->C+D的反应,感觉初始能量计算时候要优化A+B的时候(把两个分子放到一个输入文件中),比较困难。其中一个部分是带有电荷的(比如说金属原子),电荷要固定一下吗(也就是指定电荷都在这个金属原子上)?
初始的能量是不是也可以用A和B的单独的能量计算加和?我要是想A+B放在一起,为后面用QST2粗略的找过渡态方便。
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乐观、执着、勤奋
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majun04

木虫 (著名写手)

majun

扫描了势能面发现初始乙腈的氮原子和氢离子的距离设置在3埃以下,开始scan计算才能成功。当距离设置4埃以上,开始计算的时候,输出总是502错误。
请问有没有人遇到这样的问题,是怎么回事,解释一下原因。
乐观、执着、勤奋
9楼2008-11-21 09:29:28
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dolphin618

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
majun04(金币+2,VIP+0):谢谢你,我加上试试。
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
3埃,感觉距离小了点,其实10埃我觉得可以,优化的时候加上scf=qc试试
生命本就是不可名说的缘法,可又有谁愿做菩提下微笑拈起的莲花?
2楼2008-11-19 03:47:39
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cysqxr

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你!
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
从你的描述看应该是有关于吸附的问题(我猜的不对就算了啊)具体的吸附距离是多少要根据实际情况判断  另外你说的电荷 我知道的范围内好像不可以单独固定把电荷加在某个原子上 如果加的话 就是整体加
3楼2008-11-19 08:24:24
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dongyuhui

银虫 (正式写手)

★ ★ ★
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你,我加大距离看看怎么样。
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
同意楼上的说法,楼主可以试一下把距离变大,我以前改了距离就好了
快乐的心
4楼2008-11-19 08:51:28
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