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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】计算过渡态，优化初始反应物遇到困难请帮忙！
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majun04

木虫 (著名写手)

majun

[交流] 【求助】计算过渡态，优化初始反应物遇到困难请帮忙！

想计算一个质子氢参与的化学反应。第一个定点应该是质子氢和反应物放在一起优化结构。因为是能量图中的初始定点，要求氢离子和反应分子没有相互作用，所以放置位置设置为3埃，发现优化以后，氢离子和我的分子中带有负电荷的原子成键了（这重情况在计算带有电荷的离子解离开的时候也发生过，依然没有解决）。调节距离后（6埃），优化结构依然错误，输出文件提示如下：
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -132.764483473     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.1330D-01             -V/T =  2.0229
             S**2   =   0.0000
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/majun/gaussian03/g03/l502.exe at Wed Nov 19 00:45:40 2008.
Job cpu time:  0 days  0 hours  2 minutes  2.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     11 Int=      0 D2E=      0 Chk=      4 Scr=      1

因为是第一次计算带有电荷的原子参与的反应过渡态，所以很困惑。请高手帮忙指点一下。
还有就是在计算反应过程中，对A＋B－－>C＋D的反应，感觉初始能量计算时候要优化A＋B的时候（把两个分子放到一个输入文件中），比较困难。其中一个部分是带有电荷的（比如说金属原子），电荷要固定一下吗（也就是指定电荷都在这个金属原子上）？
初始的能量是不是也可以用A和B的单独的能量计算加和？我要是想A＋B放在一起，为后面用QST2粗略的找过渡态方便。
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1楼 2008-11-19 01:04:28
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dolphin618

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
majun04(金币+2,VIP+0):谢谢你，我加上试试。
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
3埃，感觉距离小了点，其实10埃我觉得可以，优化的时候加上scf=qc试试
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生命本就是不可名说的缘法，可又有谁愿做菩提下微笑拈起的莲花？
2楼2008-11-19 03:47:39
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cysqxr

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你!
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
从你的描述看应该是有关于吸附的问题（我猜的不对就算了啊）具体的吸附距离是多少要根据实际情况判断  另外你说的电荷 我知道的范围内好像不可以单独固定把电荷加在某个原子上 如果加的话 就是整体加
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3楼2008-11-19 08:24:24
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dongyuhui

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你，我加大距离看看怎么样。
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
同意楼上的说法，楼主可以试一下把距离变大，我以前改了距离就好了
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快乐的心
4楼2008-11-19 08:51:28
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
引用回帖:
Originally posted by cysqxr at 2008-11-19 08:24:
从你的描述看应该是有关于吸附的问题（我猜的不对就算了啊）具体的吸附距离是多少要根据实际情况判断  另外你说的电荷 我知道的范围内好像不可以单独固定把电荷加在某个原子上 如果加的话 就是整体加

我计算的不是吸附问题，是质子酸催化反应过渡态的寻找，现在是多个过渡态的寻找。设计到首先是氢离子进行亲电子进攻，然后发生一系列的变化以后，氢离子再脱离到溶液中去。
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乐观、执着、勤奋
5楼2008-11-19 08:58:05
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
引用回帖:
Originally posted by dolphin618 at 2008-11-19 03:47:
3埃，感觉距离小了点，其实10埃我觉得可以，优化的时候加上scf=qc试试

依然不行，错误信息是一样的。请帮忙想想还有没有别的办法？
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6楼2008-11-19 16:02:49
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zhangji3013

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你！
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
因为是能量图中的初始定点，要求氢离子和反应分子没有相互作用
[/quote]
这种情况好象是要分开优化的呀
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7楼2008-11-20 09:08:37
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
引用回帖:
Originally posted by zhangji3013 at 2008-11-20 09:08:
因为是能量图中的初始定点，要求氢离子和反应分子没有相互作用

这种情况好象是要分开优化的呀 [/quote]

这两个能量是比较接近，有的是把这个能量差给直接忽略了，但有的文献是给了的。
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8楼2008-11-20 09:23:30
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
扫描了势能面发现初始乙腈的氮原子和氢离子的距离设置在3埃以下，开始scan计算才能成功。当距离设置4埃以上，开始计算的时候，输出总是502错误。
请问有没有人遇到这样的问题，是怎么回事，解释一下原因。
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9楼2008-11-21 09:29:28
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cysqxr

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
majun04(金币+5,VIP+0):谢谢你的帮助！
我说一下自己的看法
单独的用质子与其他物质作用，这个模型不是很合理。通常要做质子与其他的分子作用，需要把质子溶剂化（例如采用水合氢离子H3O+），然后你做计算就不会出现不收敛的问题了。l502的错误意味着你的结构出现了很不合理的情况，像你这种单独解离质子的，把质子离得太远以后，化学上来说就没有电子了，这在量化中很难处理。即使你使用了scf=qc也不会有所改变。看看你的反应体系，采用相应的溶剂来处理你的质子。
另外呢，如果目标分子已经被质子化了，接着再发生其他反应的情况，可以把溶剂分子去掉了做（如果溶剂分子不再参与反应）。

[ Last edited by cysqxr on 2008-11-28 at 11:00 ]
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10楼2008-11-28 10:58:40
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