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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 引物设计： 如何避开终止子 避免移码？求教帮修改下！！！
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cheng910323

木虫 (小有名气)

[求助] 引物设计： 如何避开终止子 避免移码？求教帮修改下！！！ 已有1人参与

R-Spe1R（3丶）：        tagcta  ACTAGT  GTTCTTAGACTGCCAACAACCGTGC  这是我自己设计的引物  不知是否可以避开终止子避免移码现象？

目的基因后半段：AACTCGCAGAACCTTCCATTTGATCCCTCCAAGGCTGTTCCGCGTCTAACCCGTTGGGAA
        ATTGATCTCAATAGTGGTAACGATGAGATGAAACGTACGCAGCTACACGAATATTTTGCA
        GAAATGCCTATCATGGATTTCCGTTTTGCGCTCCAGGATCATCGCTACGCCTACATGGGG
        GTTGACGATCCTCGTCGCCCCTTAGCTCATCAGCAAGCTGAAAAAATCTTTGCCTACAAT
        TCGTTAGGGGTTTGGGACAACCATCGTAAAGATTATGAACTTTGGTTTACGGGAAAAATG
        TCTGCAGCGCAGGAACCGGCGTTTGTTCCTAGAAGCCCAGATGCGCCTGAGGGCGATGGC
        TACCTACTCAGTGTAGTAGGGCGGCTCGATGAAGATCGTAGCGATCTAGTTATCCTTGAT
        ACGCAATGTTTGGCAGCTGGGCCTGTGGCCACTGTCAAGCTTCCCTTCCGTCTCCGAGCA
        GCGTTGCACGGTTGTTGGCAGTCTAAGAACTGA             TGA 避开这个@biostar2009@飞约疯人院@wizardfan@youlinglyw
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不语
1楼 2016-08-25 17:00:47
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cheng910323

木虫 (小有名气)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-26 08:44:51
补充一下 .这段引物是和下面目的基因匹配的！

发自小木虫Android客户端
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不语
2楼2016-08-25 23:10:38
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781055707

木虫 (著名写手)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-26 08:44:58
没看懂楼主要干什么
赞一下 回复此楼
采菊东篱下，悠然见南山。
3楼2016-08-26 08:05:46
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cheng910323

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 781055707 at 2016-08-26 08:05:46
没看懂楼主要干什么

R-Spe1R（3丶）：        tagcta  ACTAGT  GTTCTTAGACTGCCAACAACCGTGC  这是我自己设计的引物  不知是否可以避开终止子避免移码现象？ 后续有酶连接  表达蛋白 所以 担心移码 导致蛋白无法表达正常！

目的基因后半段：AACTCGCAGAACCTTCCATTTGATCCCTCCAAGGCTGTTCCGCGTCTAACCCGTTGGGAA
        ATTGATCTCAATAGTGGTAACGATGAGATGAAACGTACGCAGCTACACGAATATTTTGCA
        GAAATGCCTATCATGGATTTCCGTTTTGCGCTCCAGGATCATCGCTACGCCTACATGGGG
        GTTGACGATCCTCGTCGCCCCTTAGCTCATCAGCAAGCTGAAAAAATCTTTGCCTACAAT
        TCGTTAGGGGTTTGGGACAACCATCGTAAAGATTATGAACTTTGGTTTACGGGAAAAATG
        TCTGCAGCGCAGGAACCGGCGTTTGTTCCTAGAAGCCCAGATGCGCCTGAGGGCGATGGC
        TACCTACTCAGTGTAGTAGGGCGGCTCGATGAAGATCGTAGCGATCTAGTTATCCTTGAT
        ACGCAATGTTTGGCAGCTGGGCCTGTGGCCACTGTCAAGCTTCCCTTCCGTCTCCGAGCA
        GCGTTGCACGGTTGTTGGCAGTCTAAGAACTGA       避开最后这个TGA  终止子

     蓝色字体是引物匹配的碱基序列  红色的是终止子   酶切位点为SPE1：A  CTAGT

                                                                                                                 TGATC  A
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不语
4楼2016-08-26 10:33:39
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cheng910323

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 781055707 at 2016-08-26 08:05:46
没看懂楼主要干什么

我设计的引物和这段基因的最后20几个碱基配对 我想知道 是否可以避开终止子TGA   以及避免移码突变。
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不语
5楼2016-08-26 10:46:56
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txhy

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
没问题，“GTTCTTAGACTGCCAACAACCGTGC”这段碱基你是完全配对的，所以在引物与模板结合时可以结合上去，正常进行PCR反应，后面的不配对碱基不会影响的。在第二轮循环中，就能得到带“ tagcta  ACTAGT  ”的双链产物了，多次循环下来后你设计得到的产物就占绝大多数比例了。
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6楼2016-08-27 23:43:32
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