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wh7690703

木虫 (正式写手)

[交流] 如何扩增高GC含量的模板!

各位高手们注意了,我有个问题想请教大家!
本人之前一直在P富含GC的模板,使用了LA-Taq及其GC Buffer(本身含有DMSO和甘油)和slowdown PCR,都没有将其扩增出来。也重新设计了引物,仍然扩增不出。
我都不知道该怎么办了,哪位高手知道的话,帮忙啊
小弟不甚感激~
注:模板为链霉菌基因组
梯度和Touchdown PCR及热启动PCR都做过

[ Last edited by 350784478 on 2009-11-8 at 12:41 ]
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wh7690703

木虫 (正式写手)

GC Buffer有两种,一个DMSO含量高,一个低些
所以调整GC Buffer不太可能
Mg2+浓度又怎么调啊,它可是跟在GC Buffer里的(Mg2+浓度为5mM)
50ul体系加入GC Buffer体积为25ul,也就是说Mg2+浓度为2.5mM。dNTP(2.5mM)加入8ul,即浓度为0.4mM。
PCR反应体系( 50μl):
     TAKARA LA-Taq        5U/μl              0.5μl
     2xGC Buffer Ⅰ/Ⅱ   (5mM Mg2+)       25μl
     Genomic DNA                                 1μl
     dNTP Mixtures       (各2.5mM)           8μl
     上游引物               (20μM)               1μl
     下游引物               (20μM)               1μl
     无菌水                                          12.5μl
     总体积                                          50μl
不知这样的体系合适不?
5楼2008-11-17 23:47:06
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★ ★
reasonspare(金币+3,VIP+0):积极交流奖
换酶~~
KOD FX Taq似乎说很牛X
不过没试过
价钱,还好啦
2楼2008-11-17 22:48:46
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wh7690703

木虫 (正式写手)

楼上的兄弟,除了换酶还有其他的好方法吗?
3楼2008-11-17 23:10:07
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

要不就只好自己调DMSO和Mg2+的浓度了
但是这是一个痛苦的过程
DMSO浓度太高太低都出不来,一般以1%为梯度慢慢摸
Mg2+太高太低也不行,以0.5mM为梯度摸
4楼2008-11-17 23:17:39
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