| 查看: 2918 | 回复: 16 | ||
[求助]
lammps 简单模型弛豫时周期边界出问题。 已有2人参与
|
|
问题：利用lammps建立一个矩形，x和y方向为周期，z方向为非周期，(p p m) ,利用NVT弛豫（300K），发现周期边界处的原子混乱; 如果把(p p m) 改为(p m m)，发现还是周期边界方向出现混乱，如下图。不知什么原因？谢谢！ lammps脚本 #initialize units metal boundary p p m atom_style atomic #============================================================================ # difinition of variable #============================================================================ variable T0 equal 300 #K variable dis equal 15 variable edge equal 20 variable h equal $r+3+${dis} variable subup equal 0 variable subdw equal -20 variable fixedline equal ${subdw}*0.75 variable bxl equal -${r}-${edge} variable bxr equal ${r}+${edge} variable byl equal -${r}-${edge} variable byr equal ${r}+${edge} variable bzl equal ${subdw}-${edge} variable bzr equal $h+$r+${edge} #============================================================================ # build group #============================================================================ region box block ${bxl} ${bxr} ${byl} ${byr} ${bzl} ${bzr} units box create_box 2 box #box 中原子类型分类有6种 lattice fcc 3.61505 #orient x 1 0 0 orient y 0 1 1 orient z 0 -1 1 region rsubtrate1 block INF INF INF INF ${subdw} ${subup} units box region rsubtrate intersect 2 box rsubtrate1 create_atoms 1 region rsubtrate group gsubtrate region rsubtrate region rsubactive1 block INF INF INF INF ${fixedline} ${subup} units box region rsubactive intersect 2 box rsubactive1 group gsubactive region rsubactive group gsubfixed subtract gsubtrate gsubactive set group gsubfixed type 2 pair_style eam/alloy pair_coeff * * CuAg.eam.alloy Cu Cu #============================================================================ # setting #============================================================================ timestep 0.001 #fs thermo_style custom step temp etotal ke pe press vol neighbor 0.5 bin neigh_modify every 5 delay 0 check yes #============================================================================ # # initial velocities #============================================================================ thermo 100 velocity all create ${T0} 482748 dist gaussian fix 1 all nvt temp ${T0} ${T0} 0.1 drag 0.2 #保持初始温度，在NVT下弛豫 dump 2 all atom 100 relax_ball.lammpstrj run 800  周期为 p p m  周期为 p m m |
回复此楼» 猜你喜欢
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
-
实验室接单子
已经有7人回复
-
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
北核录用
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 更易上手的带图形界面的VASP软件MedeA
已经有14人回复
- python之蟒开启理论计算化学的新时代
已经有22人回复
2楼2016-08-24 07:53:35
3楼2016-08-24 08:21:15
4楼2016-08-24 08:22:44
5楼2016-08-24 16:06:01
6楼2016-08-25 02:34:28
yangdongjiao
新虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1797.8
- 红花: 2
- 帖子: 79
- 在线: 357.4小时
- 虫号: 3779820
- 注册: 2015-04-01
- 性别: MM
- 专业: 微/纳机械系统
7楼2016-08-25 08:51:40
8楼2016-08-25 09:52:06
yangdongjiao
新虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1797.8
- 红花: 2
- 帖子: 79
- 在线: 357.4小时
- 虫号: 3779820
- 注册: 2015-04-01
- 性别: MM
- 专业: 微/纳机械系统
9楼2016-08-26 08:35:53
enrity
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 6668.1
- 散金: 6
- 红花: 4
- 帖子: 693
- 在线: 129.1小时
- 虫号: 1982653
- 注册: 2012-09-07
- 专业: 固体力学
|
这个是你的region和create-atoms命令的问题，边界是周期性的时候必须保证尺寸是晶格常数的整数倍，并且原子跨过边界后不会发生重叠，你的结果是不满足这些导致的，如果想省事，create-atom用参数box代替region 发自小木虫IOS客户端 |
tspillar10楼2016-08-28 00:43:29