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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 简单模型弛豫时周期边界出问题。
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tspillar

金虫 (小有名气)

[求助] lammps 简单模型弛豫时周期边界出问题。 已有2人参与

问题：利用lammps建立一个矩形，x和y方向为周期，z方向为非周期，(p p m) ,利用NVT弛豫（300K），发现周期边界处的原子混乱; 如果把(p p m) 改为(p m m)，发现还是周期边界方向出现混乱，如下图。不知什么原因？谢谢！
lammps脚本


#initialize
units                        metal
boundary                p p m
atom_style                atomic

#============================================================================
#            difinition of variable
#============================================================================
variable                T0 equal 300            #K
       
variable                dis equal 15       
variable                edge equal 20
       
variable                h  equal $r+3+${dis}

variable            subup equal 0
variable                subdw equal -20

variable                fixedline equal ${subdw}*0.75

variable                bxl equal -${r}-${edge}
variable                bxr equal ${r}+${edge}
variable                byl equal -${r}-${edge}
variable                byr equal ${r}+${edge}
variable                bzl equal ${subdw}-${edge}
variable                bzr equal $h+$r+${edge}


#============================================================================
#                   build group
#============================================================================

region                        box block ${bxl} ${bxr} ${byl} ${byr} ${bzl} ${bzr} units box
create_box                2 box                      #box 中原子类型分类有6种

lattice                        fcc 3.61505  #orient x 1 0 0 orient y 0 1 1 orient z 0 -1 1
region                        rsubtrate1 block INF INF INF INF ${subdw} ${subup} units box
region                        rsubtrate intersect 2 box rsubtrate1
create_atoms        1 region rsubtrate
group                        gsubtrate region rsubtrate

region                        rsubactive1 block INF INF INF INF ${fixedline} ${subup} units box
region                        rsubactive   intersect 2 box rsubactive1
group                        gsubactive        region rsubactive

group                        gsubfixed        subtract gsubtrate gsubactive
set                    group gsubfixed type 2
               
pair_style                eam/alloy
pair_coeff                * * CuAg.eam.alloy Cu Cu

#============================================================================
#                   setting
#============================================================================
timestep                 0.001    #fs

thermo_style         custom step temp etotal ke pe press vol

neighbor                0.5 bin
neigh_modify        every 5 delay 0 check yes


#============================================================================
#                   # initial velocities
#============================================================================
thermo                         100

velocity                all create ${T0} 482748 dist gaussian

fix                         1 all nvt temp ${T0} ${T0} 0.1 drag 0.2   #保持初始温度，在NVT下弛豫

dump                        2 all atom 100 relax_ball.lammpstrj

run                         800

lammps 简单模型弛豫时周期边界出问题。
周期为 p p m


lammps 简单模型弛豫时周期边界出问题。-1
周期为 p m m
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希望给世界留点什么。
1楼 2016-08-24 00:40:27
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11B329

金虫 (正式写手)
我觉得可能是因为应力的缘故吧!

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往前走吧！
2楼2016-08-24 07:53:35
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tspillar

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 11B329 at 2016-08-24 07:53:35
我觉得可能是因为应力的缘故吧!

谢谢回复！按理说300k驰誉模型是很工整的。如果是非周期就不会乱。如图2，y轴。感觉少了什么约束。

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希望给世界留点什么。
3楼2016-08-24 08:21:15
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tspillar

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tspillar at 2016-08-24 08:21:15
谢谢回复！按理说300k驰誉模型是很工整的。如果是非周期就不会乱。如图2，y轴。感觉少了什么约束。
...

但是周期方向出问题。

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希望给世界留点什么。
4楼2016-08-24 08:22:44
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追梦2016

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议试一下三个方向都采用周期性边界条件，观察会不会还出这个问题。
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只要肯学，没有学不会的
5楼2016-08-24 16:06:01
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tspillar

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 追梦2016 at 2016-08-24 16:06:01
建议试一下三个方向都采用周期性边界条件，观察会不会还出这个问题。

谢谢！我试试。

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希望给世界留点什么。
6楼2016-08-25 02:34:28
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)
楼主，你好。我刚接触MS软件，能问一下你这个多层结构是怎么构建的，能否详细给我说一下，谢谢了
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7楼2016-08-25 08:51:40
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tspillar

金虫 (小有名气)
内容已删除
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希望给世界留点什么。
8楼2016-08-25 09:52:06
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by tspillar at 2016-08-25 09:52:06
不好意思，我只会用lammPs。
...

嗯，不好意思，谢谢^ω^

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9楼2016-08-26 08:35:53
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enrity

铁杆木虫 (正式写手)
这个是你的region和create-atoms命令的问题，边界是周期性的时候必须保证尺寸是晶格常数的整数倍，并且原子跨过边界后不会发生重叠，你的结果是不满足这些导致的，如果想省事，create-atom用参数box代替region

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tspillar tspillar
10楼2016-08-28 00:43:29
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