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tspillar

金虫 (小有名气)

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[求助] lammps 简单模型弛豫时周期边界出问题。已有2人参与

问题：利用lammps建立一个矩形，x和y方向为周期，z方向为非周期，(p p m) ,利用NVT弛豫（300K），发现周期边界处的原子混乱; 如果把(p p m) 改为(p m m)，发现还是周期边界方向出现混乱，如下图。不知什么原因？谢谢！
lammps脚本

#initialize
units metal
boundary p p m
atom_style atomic

#============================================================================
#          difinition of variable
#============================================================================
variable T0 equal 300          #K

variable dis equal 15
variable edge equal 20

variable h  equal $r+3+${dis}

variable       subup equal 0
variable subdw equal -20

variable fixedline equal ${subdw}*0.75

variable bxl equal -${r}-${edge}
variable bxr equal ${r}+${edge}
variable byl equal -${r}-${edge}
variable byr equal ${r}+${edge}
variable bzl equal ${subdw}-${edge}
variable bzr equal $h+$r+${edge}

#============================================================================
#                build group
#============================================================================

region box block ${bxl} ${bxr} ${byl} ${byr} ${bzl} ${bzr} units box
create_box 2 box                   #box 中原子类型分类有6种

lattice fcc 3.61505  #orient x 1 0 0 orient y 0 1 1 orient z 0 -1 1
region rsubtrate1 block INF INF INF INF ${subdw} ${subup} units box
region rsubtrate intersect 2 box rsubtrate1
create_atoms 1 region rsubtrate
group gsubtrate region rsubtrate

region rsubactive1 block INF INF INF INF ${fixedline} ${subup} units box
region rsubactive intersect 2 box rsubactive1
group gsubactive region rsubactive

group gsubfixed subtract gsubtrate gsubactive
set             group gsubfixed type 2

pair_style eam/alloy
pair_coeff * * CuAg.eam.alloy Cu Cu

#============================================================================
#                setting
#============================================================================
timestep 0.001 #fs

thermo_style custom step temp etotal ke pe press vol

neighbor 0.5 bin
neigh_modify every 5 delay 0 check yes

#============================================================================
#                # initial velocities
#============================================================================
thermo 100

velocity all create ${T0} 482748 dist gaussian

fix 1 all nvt temp ${T0} ${T0} 0.1 drag 0.2 #保持初始温度，在NVT下弛豫

dump 2 all atom 100 relax_ball.lammpstrj

run 800

周期为 p p m