[求助] lammps 简单模型弛豫时周期边界出问题。 已有2人参与

问题：利用lammps建立一个矩形，x和y方向为周期，z方向为非周期，(p p m) ,利用NVT弛豫（300K），发现周期边界处的原子混乱; 如果把(p p m) 改为(p m m)，发现还是周期边界方向出现混乱，如下图。不知什么原因？谢谢！ lammps脚本 #initialize units                        metal boundary                p p m atom_style                atomic #============================================================================ #            difinition of variable #============================================================================ variable                T0 equal 300            #K         variable                dis equal 15        variable                edge equal 20         variable                h  equal $r+3+${dis} variable            subup equal 0 variable                subdw equal -20 variable                fixedline equal ${subdw}*0.75 variable                bxl equal -${r}-${edge} variable                bxr equal ${r}+${edge} variable                byl equal -${r}-${edge} variable                byr equal ${r}+${edge} variable                bzl equal ${subdw}-${edge} variable                bzr equal $h+$r+${edge} #============================================================================ #                   build group #============================================================================ region                        box block ${bxl} ${bxr} ${byl} ${byr} ${bzl} ${bzr} units box create_box                2 box                      #box 中原子类型分类有6种 lattice                        fcc 3.61505  #orient x 1 0 0 orient y 0 1 1 orient z 0 -1 1 region                        rsubtrate1 block INF INF INF INF ${subdw} ${subup} units box region                        rsubtrate intersect 2 box rsubtrate1 create_atoms        1 region rsubtrate group                        gsubtrate region rsubtrate region                        rsubactive1 block INF INF INF INF ${fixedline} ${subup} units box region                        rsubactive   intersect 2 box rsubactive1 group                        gsubactive        region rsubactive group                        gsubfixed        subtract gsubtrate gsubactive set                    group gsubfixed type 2                 pair_style                eam/alloy pair_coeff                * * CuAg.eam.alloy Cu Cu #============================================================================ #                   setting #============================================================================ timestep                 0.001    #fs thermo_style         custom step temp etotal ke pe press vol neighbor                0.5 bin neigh_modify        every 5 delay 0 check yes #============================================================================ #                   # initial velocities #============================================================================ thermo                         100 velocity                all create ${T0} 482748 dist gaussian fix                         1 all nvt temp ${T0} ${T0} 0.1 drag 0.2   #保持初始温度，在NVT下弛豫 dump                        2 all atom 100 relax_ball.lammpstrj run                         800 周期为 p p m 周期为 p m m

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