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vigaryang

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[求助] VASP计算中分子的poscar如何构建？已有1人参与

我想计算分子在晶体表面的吸附，因此需要对分子结构进行优化。通过教程，我了解到分子的poscar也可由cif文件转化而来，但分子的cif文件该如何构建呢？同时，这个cif的晶胞参数该设置为多少Å呢？盼不吝赐教！

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1楼 2016-08-07 00:34:54

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vigaryang

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引用回帖:

9楼: Originally posted by jameshzd at 2016-08-11 21:40:34
你要建的是什么结构？表面吸附体系的话可以在material studio中建立，吸附分子的坐标需要自己计算。更一般的可以在atomic simulation environment（ase）当中用build这个库来做。或者你把每个原子坐标都算出来。（运 ...

关于吸附分子自身的优化，我最后是这么建的：新建一个.xsz文件，绘制出分子结构，然后再点击build-crystal，这样就会在分子周围出现一个晶格。此时分子的位置可能会在晶格边缘，于是利用菜单栏上的平移工具将分子平移到晶格的内部，再另存为.cif文件。这样应该也行的吧？