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vigaryang

木虫 (正式写手)

[求助] VASP计算中分子的poscar如何构建? 已有1人参与

我想计算分子在晶体表面的吸附,因此需要对分子结构进行优化。通过教程,我了解到分子的poscar也可由cif文件转化而来,但分子的cif文件该如何构建呢?同时,这个cif的晶胞参数该设置为多少Å呢?盼不吝赐教!
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jameshzd

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-11 21:45:25
蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2016-08-12 10:14:59
你要建的是什么结构?表面吸附体系的话可以在material studio中建立,吸附分子的坐标需要自己计算。更一般的可以在atomic simulation environment(ase)当中用build这个库来做。或者你把每个原子坐标都算出来。(运用解析几何)

发自小木虫IOS客户端
9楼2016-08-11 21:40:34
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蛋蛋小童鞋

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
vigaryang: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2016-08-07 13:45:59
把cif文件用vesta打开,输出里面选取POSCAR格式,生成以后用vi编辑器打开。。你的问题就解决了
愿不负最苦的时光
2楼2016-08-07 11:15:12
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vigaryang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 蛋蛋小童鞋 at 2016-08-07 11:15:12
把cif文件用vesta打开,输出里面选取POSCAR格式,生成以后用vi编辑器打开。。你的问题就解决了

谢谢回复。那么分子的cif文件是怎么构建或者生成得到的呢?
3楼2016-08-07 11:43:47
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蛋蛋小童鞋

版主 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by vigaryang at 2016-08-07 11:43:47
谢谢回复。那么分子的cif文件是怎么构建或者生成得到的呢?...

有坐标等信息就用ms软件来构建,找到原子位置等信息,Build-crystals
                                build-add atoms
                               file-export
愿不负最苦的时光
4楼2016-08-07 11:45:49
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