应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP计算中分子的poscar如何构建？
151/2返回列表12下一页
查看: 2580  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

vigaryang

木虫 (正式写手)

[求助] VASP计算中分子的poscar如何构建？ 已有1人参与

我想计算分子在晶体表面的吸附，因此需要对分子结构进行优化。通过教程，我了解到分子的poscar也可由cif文件转化而来，但分子的cif文件该如何构建呢？同时，这个cif的晶胞参数该设置为多少Å呢？盼不吝赐教！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-08-07 00:34:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

蛋蛋小童鞋

版主 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by vigaryang at 2016-08-07 11:43:47
谢谢回复。那么分子的cif文件是怎么构建或者生成得到的呢？...

有坐标等信息就用ms软件来构建，找到原子位置等信息，Build-crystals
                                build-add atoms
                               file-export
赞一下(1人) 回复此楼
愿不负最苦的时光
4楼2016-08-07 11:45:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

蛋蛋小童鞋

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vigaryang: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2016-08-07 13:45:59
把cif文件用vesta打开，输出里面选取POSCAR格式，生成以后用vi编辑器打开。。你的问题就解决了
赞一下 回复此楼
愿不负最苦的时光
2楼2016-08-07 11:15:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 蛋蛋小童鞋 at 2016-08-07 11:15:12
把cif文件用vesta打开，输出里面选取POSCAR格式，生成以后用vi编辑器打开。。你的问题就解决了

谢谢回复。那么分子的cif文件是怎么构建或者生成得到的呢？
赞一下 回复此楼
3楼2016-08-07 11:43:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 蛋蛋小童鞋 at 2016-08-07 11:45:49
有坐标等信息就用ms软件来构建，找到原子位置等信息，Build-crystals
                                build-add atoms
                               file-export...

不能在ms里画好一个分子，将其黏贴到空的晶胞中的任一位置吗？
赞一下 回复此楼
5楼2016-08-07 12:46:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蛋蛋小童鞋

版主 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by vigaryang at 2016-08-07 12:46:47
不能在ms里画好一个分子，将其黏贴到空的晶胞中的任一位置吗？...

不知道，没试过。你试试

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
愿不负最苦的时光
6楼2016-08-07 13:03:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 蛋蛋小童鞋 at 2016-08-07 13:03:04
不知道，没试过。你试试
...

好的，谢谢版主！
回复此楼
7楼2016-08-07 13:28:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.
★
蛋蛋小童鞋: 金币+1, 谢谢参与 2016-08-12 10:14:46
materials studio建模挺好的，分子的话有很多例子 就算是C-C环的话也可以手画
赞一下 回复此楼
路漫漫其修远兮
8楼2016-08-10 21:41:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jameshzd

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-11 21:45:25
蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2016-08-12 10:14:59
你要建的是什么结构？表面吸附体系的话可以在material studio中建立，吸附分子的坐标需要自己计算。更一般的可以在atomic simulation environment（ase）当中用build这个库来做。或者你把每个原子坐标都算出来。（运用解析几何）

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
9楼2016-08-11 21:40:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jameshzd at 2016-08-11 21:40:34
你要建的是什么结构？表面吸附体系的话可以在material studio中建立，吸附分子的坐标需要自己计算。更一般的可以在atomic simulation environment（ase）当中用build这个库来做。或者你把每个原子坐标都算出来。（运 ...

关于吸附分子自身的优化，我最后是这么建的：新建一个.xsz文件，绘制出分子结构，然后再点击build-crystal，这样就会在分子周围出现一个晶格。此时分子的位置可能会在晶格边缘，于是利用菜单栏上的平移工具将分子平移到晶格的内部，再另存为.cif文件。这样应该也行的吧？
赞一下 回复此楼
10楼2016-08-12 15:37:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 vigaryang 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭