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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP计算中分子的poscar如何构建？
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vigaryang

木虫 (正式写手)

[求助] VASP计算中分子的poscar如何构建？ 已有1人参与

我想计算分子在晶体表面的吸附，因此需要对分子结构进行优化。通过教程，我了解到分子的poscar也可由cif文件转化而来，但分子的cif文件该如何构建呢？同时，这个cif的晶胞参数该设置为多少Å呢？盼不吝赐教！
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1楼 2016-08-07 00:34:54
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

蛋蛋小童鞋

版主 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by vigaryang at 2016-08-07 11:43:47
谢谢回复。那么分子的cif文件是怎么构建或者生成得到的呢？...

有坐标等信息就用ms软件来构建，找到原子位置等信息，Build-crystals
                                build-add atoms
                               file-export
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愿不负最苦的时光
4楼2016-08-07 11:45:49
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普通回帖

蛋蛋小童鞋

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vigaryang: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2016-08-07 13:45:59
把cif文件用vesta打开，输出里面选取POSCAR格式，生成以后用vi编辑器打开。。你的问题就解决了
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愿不负最苦的时光
2楼2016-08-07 11:15:12
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 蛋蛋小童鞋 at 2016-08-07 11:15:12
把cif文件用vesta打开，输出里面选取POSCAR格式，生成以后用vi编辑器打开。。你的问题就解决了

谢谢回复。那么分子的cif文件是怎么构建或者生成得到的呢？
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3楼2016-08-07 11:43:47
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 蛋蛋小童鞋 at 2016-08-07 11:45:49
有坐标等信息就用ms软件来构建，找到原子位置等信息，Build-crystals
                                build-add atoms
                               file-export...

不能在ms里画好一个分子，将其黏贴到空的晶胞中的任一位置吗？
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5楼2016-08-07 12:46:47
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蛋蛋小童鞋

版主 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by vigaryang at 2016-08-07 12:46:47
不能在ms里画好一个分子，将其黏贴到空的晶胞中的任一位置吗？...

不知道，没试过。你试试

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愿不负最苦的时光
6楼2016-08-07 13:03:04
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 蛋蛋小童鞋 at 2016-08-07 13:03:04
不知道，没试过。你试试
...

好的，谢谢版主！
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7楼2016-08-07 13:28:07
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hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.
★
蛋蛋小童鞋: 金币+1, 谢谢参与 2016-08-12 10:14:46
materials studio建模挺好的，分子的话有很多例子 就算是C-C环的话也可以手画
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路漫漫其修远兮
8楼2016-08-10 21:41:56
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jameshzd

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-11 21:45:25
蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2016-08-12 10:14:59
你要建的是什么结构？表面吸附体系的话可以在material studio中建立，吸附分子的坐标需要自己计算。更一般的可以在atomic simulation environment（ase）当中用build这个库来做。或者你把每个原子坐标都算出来。（运用解析几何）

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9楼2016-08-11 21:40:34
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jameshzd at 2016-08-11 21:40:34
你要建的是什么结构？表面吸附体系的话可以在material studio中建立，吸附分子的坐标需要自己计算。更一般的可以在atomic simulation environment（ase）当中用build这个库来做。或者你把每个原子坐标都算出来。（运 ...

关于吸附分子自身的优化，我最后是这么建的：新建一个.xsz文件，绘制出分子结构，然后再点击build-crystal，这样就会在分子周围出现一个晶格。此时分子的位置可能会在晶格边缘，于是利用菜单栏上的平移工具将分子平移到晶格的内部，再另存为.cif文件。这样应该也行的吧？
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10楼2016-08-12 15:37:00
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