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zhao_student

新虫 (小有名气)

[求助] blast 已有1人参与

用转录组测序数据跟在SRA中下载的基因组数据进行本地BLAST有意义吗？

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1楼 2016-08-05 08:22:28
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你说的是做有参转录组拼接吗？有没有意义，关键看你这么做的目的是什么。
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2楼2016-08-05 12:08:48
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zhao_student

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-08-05 12:08:48
你说的是做有参转录组拼接吗？有没有意义，关键看你这么做的目的是什么。

测序数据已经做了拼接，SRA数据也转化成了fasta格式，我只是想找出能匹配的上的序列做进一步分析。

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3楼2016-08-10 17:03:15
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhao_student at 2016-08-10 17:03:15
测序数据已经做了拼接，SRA数据也转化成了fasta格式，我只是想找出能匹配的上的序列做进一步分析。
...

那当然有意义，只有通过blast比对，你才能对你的fasta数据进行注释，推测各基因的功能及分类。
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4楼2016-08-10 18:29:13
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zhao_student

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2016-08-10 18:29:13
那当然有意义，只有通过blast比对，你才能对你的fasta数据进行注释，推测各基因的功能及分类。...

那sra数据会不会是原始短序列？我的是已经拼接好的序列了。。。

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5楼2016-08-10 18:31:17
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhao_student at 2016-08-10 18:31:17
那sra数据会不会是原始短序列？我的是已经拼接好的序列了。。。
...

SRA就是原始数据，你用已拼接好的序列作比对，一般做法不都是用你的序列和nr库做比对吗？或者是和拟南芥、水稻等模式生物的库去比。你下的这个SRA注释信息应该不会太全吧。
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6楼2016-08-10 18:46:34
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zhao_student

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stone2239 at 2016-08-10 18:46:34
SRA就是原始数据，你用已拼接好的序列作比对，一般做法不都是用你的序列和nr库做比对吗？或者是和拟南芥、水稻等模式生物的库去比。你下的这个SRA注释信息应该不会太全吧。...

我做blast也只是想对我的数据进行一下筛选，所以模式生物的序列并没有什么参考价值，目前对注释什么的也没有什么要求，这样比对出来能说明什么问题吗？

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7楼2016-08-10 19:04:05
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by zhao_student at 2016-08-10 19:04:05
我做blast也只是想对我的数据进行一下筛选，所以模式生物的序列并没有什么参考价值，目前对注释什么的也没有什么要求，这样比对出来能说明什么问题吗？
...

想筛什么？模式生物怎么就没有参考价值了？那你比对到底想得到什么结果？
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8楼2016-08-10 19:20:34
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zhao_student

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by stone2239 at 2016-08-10 19:20:34
想筛什么？模式生物怎么就没有参考价值了？那你比对到底想得到什么结果？...

事实证明，这样比对的确没有什么意义。那你知道对于SRA数据怎样处理才能用来blast吗？

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9楼2016-08-10 19:57:53
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