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zhao_student

新虫 (小有名气)

[求助] blast 已有1人参与

用转录组测序数据跟在SRA中下载的基因组数据进行本地BLAST有意义吗？

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1楼 2016-08-05 08:22:28
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhao_student at 2016-08-10 17:03:15
测序数据已经做了拼接，SRA数据也转化成了fasta格式，我只是想找出能匹配的上的序列做进一步分析。
...

那当然有意义，只有通过blast比对，你才能对你的fasta数据进行注释，推测各基因的功能及分类。
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4楼2016-08-10 18:29:13
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你说的是做有参转录组拼接吗？有没有意义，关键看你这么做的目的是什么。
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2楼2016-08-05 12:08:48
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zhao_student

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-08-05 12:08:48
你说的是做有参转录组拼接吗？有没有意义，关键看你这么做的目的是什么。

测序数据已经做了拼接，SRA数据也转化成了fasta格式，我只是想找出能匹配的上的序列做进一步分析。

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3楼2016-08-10 17:03:15
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zhao_student

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2016-08-10 18:29:13
那当然有意义，只有通过blast比对，你才能对你的fasta数据进行注释，推测各基因的功能及分类。...

那sra数据会不会是原始短序列？我的是已经拼接好的序列了。。。

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5楼2016-08-10 18:31:17
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