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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助】transcriptional factor, gene and protein之间数量关系的研究方法？？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zwdbordeaux

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】transcriptional factor, gene and protein之间数量关系的研究方法？？

最近在忙一个研究方案，主要是想用模型模拟谷物内蛋白质含量的变化。
基本的思路是看TF，然后合成蛋白相关基因，以及蛋白含量变化之间的关系，然后做一个数学模型。
模型对我来说比较熟，但是分子生物学方面比较缺，所以有几个问题请教各位：
1）TF--Gene-Protein他们之间会存在怎样的调控关系。比如说TF含量高了，导致GENE表达提高，然后造成PROTEIN合成提高。
或者还有什么别的关系。我的感觉是他们三者在数量上似乎并不存在什么相关性。不知道该从什么角度找寻他们之间的数量相关性？？

2）如何量化三者的量？ 我知道PROTEIN可以运用RP-HPLC加以测量，但是TF呢？运用 qRT-PCR吗？请帮忙推荐一个简单明了的关于qRT-PCR原理和功能的解释。再来便是基因的问题，怎么弄？

大体的研究思路？

是否要用到特别的材料（near-isogenic and transgenic lines）？他们怎么用，优点是那些？

多谢解释，或者提供简明的文献资料！时间紧迫，多谢多谢！
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Truthcomesoutoferrormoreeasilythanoutofconfusion
1楼 2008-11-13 19:57:20
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
lwf991229(金币+2,VIP+0):感谢参与讨论~~
很难量化
目前的说法都是呈相关性而无法定量
因为一个基因可能有多个转录因子调控
翻译水平也存在调控，翻译后修饰以及降解都受到调控
所以是几乎无法量化的
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2楼2008-11-13 20:27:33
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zwdbordeaux

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2008-11-13 20:27:
很难量化
目前的说法都是呈相关性而无法定量
因为一个基因可能有多个转录因子调控
翻译水平也存在调控，翻译后修饰以及降解都受到调控
所以是几乎无法量化的

呵呵，如果想量化呢？ 比如说我有一个TF的near-isogenic lines 和transgenic lines，然后根据他们丰度与目标蛋白之间的相关性，是否可以得出这个tf与该蛋白含量之间的关系。之后我们改变该tf的丰度，然后利用它作为因变量，然后预测蛋白含量的关系。
请问near-isogenic line一般都用来做什么，有什么优点，怎么构建？
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Truthcomesoutoferrormoreeasilythanoutofconfusion
3楼2008-11-13 20:37:01
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
基因调控有正调控和负调控的
拿最最简单的乳糖操纵子来说
乳糖和葡萄糖的浓度都很重要，其实就是lac I的表达程度以及cAMP水平
这些东西这么复杂有可能量化么……
除非是指定某个培养条件和生理状态
转录因子的结合位点的特性也能影响表达水平
比如有n个结合位点，结合位点距离转录起始位点的距离，染色质的构象等等
这些可不是什么线性化的东西
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4楼2008-11-13 20:51:56
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zwdbordeaux

木虫 (正式写手)
呵呵，多谢楼上的解释，我对分子生物学理解有限，研究生学的东西也差不多都还回去了。把问题具体化一点：
比如说蛋白质Ａ的含量是一个数量形状，在一个群体里面个体　蛋白质Ａ含量呈现正态分布。也就是说个体蛋白质含量与其基因型之间并非一一对应的，而个体Ａ含量在群体中所处位置由多效基因的构成决定。如果我们知道每个微效基因对Ａ含量的贡献，同时知道个体基因构成，那么是否可以预测Ａ的含量呢？注意Ａ不是一个功能蛋白而是一个贮藏蛋白。
问题是如何去决定每个微效基因的效应了！
有什么建议？

[ Last edited by zwdbordeaux on 2008-11-13 at 21:12 ]
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Truthcomesoutoferrormoreeasilythanoutofconfusion
5楼2008-11-13 21:08:22
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zwdbordeaux

木虫 (正式写手)
如果不能线性化就用非线性方程也没有问题，但是需要找出一些基本的关系来。
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Truthcomesoutoferrormoreeasilythanoutofconfusion
6楼2008-11-13 21:11:25
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haiven

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★
lwf991229(金币+2,VIP+0):感谢参与讨论~~
可以肯定的说：是可以量化的，只是要建立这样的模型是很复杂的，需要扎实的数学、计算机功底。这是目前基于高通量实验数据建立调控模型的奋斗目标，其属于新的交叉学科系统生物学的研究重点。

只是，这可能需要很多人若干年的共同努力。当然，对单个转录因子或其调控蛋白的建模远比从整体上把握生命活动规律要来得简化得多，尽管前者已经不简单了。
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走进你，温暖我，迷失于这个世界！
7楼2008-11-15 21:10:12
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zwdbordeaux

木虫 (正式写手)
楼上，有没有比较代表性的资料？推荐一下，学习！
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Truthcomesoutoferrormoreeasilythanoutofconfusion
8楼2008-11-17 16:02:06
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