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zwdbordeaux

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】transcriptional factor, gene and protein之间数量关系的研究方法??

最近在忙一个研究方案,主要是想用模型模拟谷物内蛋白质含量的变化。
基本的思路是看TF,然后合成蛋白相关基因,以及蛋白含量变化之间的关系,然后做一个数学模型。
模型对我来说比较熟,但是分子生物学方面比较缺,所以有几个问题请教各位:
1)TF--Gene-Protein他们之间会存在怎样的调控关系。比如说TF含量高了,导致GENE表达提高,然后造成PROTEIN合成提高。
或者还有什么别的关系。我的感觉是他们三者在数量上似乎并不存在什么相关性。不知道该从什么角度找寻他们之间的数量相关性??

2)如何量化三者的量? 我知道PROTEIN可以运用RP-HPLC加以测量,但是TF呢?运用 qRT-PCR吗?请帮忙推荐一个简单明了的关于qRT-PCR原理和功能的解释。再来便是基因的问题,怎么弄?

大体的研究思路?

是否要用到特别的材料(near-isogenic and transgenic lines)?他们怎么用,优点是那些?

多谢解释,或者提供简明的文献资料!时间紧迫,多谢多谢!
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Truthcomesoutoferrormoreeasilythanoutofconfusion
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

基因调控有正调控和负调控的
拿最最简单的乳糖操纵子来说
乳糖和葡萄糖的浓度都很重要,其实就是lac I的表达程度以及cAMP水平
这些东西这么复杂有可能量化么……
除非是指定某个培养条件和生理状态
转录因子的结合位点的特性也能影响表达水平
比如有n个结合位点,结合位点距离转录起始位点的距离,染色质的构象等等
这些可不是什么线性化的东西
4楼2008-11-13 20:51:56
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
lwf991229(金币+2,VIP+0):感谢参与讨论~~
很难量化
目前的说法都是呈相关性而无法定量
因为一个基因可能有多个转录因子调控
翻译水平也存在调控,翻译后修饰以及降解都受到调控
所以是几乎无法量化的
2楼2008-11-13 20:27:33
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zwdbordeaux

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2008-11-13 20:27:
很难量化
目前的说法都是呈相关性而无法定量
因为一个基因可能有多个转录因子调控
翻译水平也存在调控,翻译后修饰以及降解都受到调控
所以是几乎无法量化的

呵呵,如果想量化呢? 比如说我有一个TF的near-isogenic lines 和transgenic lines,然后根据他们丰度与目标蛋白之间的相关性,是否可以得出这个tf与该蛋白含量之间的关系。之后我们改变该tf的丰度,然后利用它作为因变量,然后预测蛋白含量的关系。
请问near-isogenic line一般都用来做什么,有什么优点,怎么构建?
Truthcomesoutoferrormoreeasilythanoutofconfusion
3楼2008-11-13 20:37:01
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zwdbordeaux

木虫 (正式写手)

呵呵,多谢楼上的解释,我对分子生物学理解有限,研究生学的东西也差不多都还回去了。把问题具体化一点:
比如说蛋白质A的含量是一个数量形状,在一个群体里面个体 蛋白质A含量呈现正态分布。也就是说个体蛋白质含量与其基因型之间并非一一对应的,而个体A含量在群体中所处位置由多效基因的构成决定。如果我们知道每个微效基因对A含量的贡献,同时知道个体基因构成,那么是否可以预测A的含量呢?注意A不是一个功能蛋白而是一个贮藏蛋白。
问题是如何去决定每个微效基因的效应了!
有什么建议?

[ Last edited by zwdbordeaux on 2008-11-13 at 21:12 ]
Truthcomesoutoferrormoreeasilythanoutofconfusion
5楼2008-11-13 21:08:22
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