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zwdbordeaux

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】transcriptional factor, gene and protein之间数量关系的研究方法??

最近在忙一个研究方案,主要是想用模型模拟谷物内蛋白质含量的变化。
基本的思路是看TF,然后合成蛋白相关基因,以及蛋白含量变化之间的关系,然后做一个数学模型。
模型对我来说比较熟,但是分子生物学方面比较缺,所以有几个问题请教各位:
1)TF--Gene-Protein他们之间会存在怎样的调控关系。比如说TF含量高了,导致GENE表达提高,然后造成PROTEIN合成提高。
或者还有什么别的关系。我的感觉是他们三者在数量上似乎并不存在什么相关性。不知道该从什么角度找寻他们之间的数量相关性??

2)如何量化三者的量? 我知道PROTEIN可以运用RP-HPLC加以测量,但是TF呢?运用 qRT-PCR吗?请帮忙推荐一个简单明了的关于qRT-PCR原理和功能的解释。再来便是基因的问题,怎么弄?

大体的研究思路?

是否要用到特别的材料(near-isogenic and transgenic lines)?他们怎么用,优点是那些?

多谢解释,或者提供简明的文献资料!时间紧迫,多谢多谢!
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Truthcomesoutoferrormoreeasilythanoutofconfusion
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haiven

捐助贵宾 (著名写手)

★ ★
lwf991229(金币+2,VIP+0):感谢参与讨论~~
可以肯定的说:是可以量化的,只是要建立这样的模型是很复杂的,需要扎实的数学、计算机功底。这是目前基于高通量实验数据建立调控模型的奋斗目标,其属于新的交叉学科系统生物学的研究重点。

只是,这可能需要很多人若干年的共同努力。当然,对单个转录因子或其调控蛋白的建模远比从整体上把握生命活动规律要来得简化得多,尽管前者已经不简单了。
走进你,温暖我,迷失于这个世界!
7楼2008-11-15 21:10:12
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
lwf991229(金币+2,VIP+0):感谢参与讨论~~
很难量化
目前的说法都是呈相关性而无法定量
因为一个基因可能有多个转录因子调控
翻译水平也存在调控,翻译后修饰以及降解都受到调控
所以是几乎无法量化的
2楼2008-11-13 20:27:33
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zwdbordeaux

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2008-11-13 20:27:
很难量化
目前的说法都是呈相关性而无法定量
因为一个基因可能有多个转录因子调控
翻译水平也存在调控,翻译后修饰以及降解都受到调控
所以是几乎无法量化的

呵呵,如果想量化呢? 比如说我有一个TF的near-isogenic lines 和transgenic lines,然后根据他们丰度与目标蛋白之间的相关性,是否可以得出这个tf与该蛋白含量之间的关系。之后我们改变该tf的丰度,然后利用它作为因变量,然后预测蛋白含量的关系。
请问near-isogenic line一般都用来做什么,有什么优点,怎么构建?
Truthcomesoutoferrormoreeasilythanoutofconfusion
3楼2008-11-13 20:37:01
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

基因调控有正调控和负调控的
拿最最简单的乳糖操纵子来说
乳糖和葡萄糖的浓度都很重要,其实就是lac I的表达程度以及cAMP水平
这些东西这么复杂有可能量化么……
除非是指定某个培养条件和生理状态
转录因子的结合位点的特性也能影响表达水平
比如有n个结合位点,结合位点距离转录起始位点的距离,染色质的构象等等
这些可不是什么线性化的东西
4楼2008-11-13 20:51:56
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