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生物界菜鸟

新虫 (初入文坛)

[交流] 流感病毒RNA,反转录 已有2人参与

菜鸟我生物本科学历,今年6月初开始的测定流感病毒HA,NA的序列工作。因之前专门到做此试验的专业部门去学习过,试剂盒都按学习时采购的。我们的大概流程是:病毒总RNA的提取,反转录,cDNA扩增(PCR),电泳鉴定。。。。。。为什么至写到这里,因为只做到这,就遇到问题,无法向下开展了。
问题:
总的问题:没有得到目的条带(HA:1700bp,NA:1400bp)
提取RNA是用试剂盒提取的,有三条亮带,前两条比较亮。
反转录PCR扩增后,得到的片段多为250bp左右的小片段,没得到1700bp啊~
多次调整退火温度,甚至更换新的引物(学习时,相同毒种可以P出来的引物),都没有得到目的条带。菜鸟我实在分析不出原因~求助大神予以指导啊~~~
此外,菜鸟还有些问题求助大神们:
问题1:学习时测序所用流感毒种取自于鸡胚尿囊液,现在所测毒种为细胞培养增值的流感病毒,二者在RNA提取的过程中是否应有所不同?
问题2:≤250bp甚至<100bp片段的出现大多由什么原因引起?引物二聚体?还是引物特异性不好呢?还是有别的什么原因?
请各位大神不吝指导,拜托了!!!
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smilegj

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问一下,你们提RNA和逆转录用的哪个牌子的试剂盒,我是新手,请多多指导啊
2楼2017-02-27 12:49:07
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宇宙小妖怪

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这可能是产物不特异,可能存在引物二聚体或非特异性扩增,有可能你的引物设计有问题,楼主可以提高退火温度试试,楼主现在的退火温度是多少?我师姐他们实验室用BIOGHC ELITEFAST SYBR KIT扩增了GAPDH基因的一个片段,他们当时也出现了你这样的情况,后来将退火温度提高到了65℃才解决了问题
3楼2020-01-16 08:57:57
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